肾细胞癌单细胞基因表达图谱
该数据集来自 NCBI，对肾细胞癌进行单细胞基因表达分析，用于刻画肿瘤内异质性。数据包含恶性与非恶性细胞群体的单细胞转录组图谱，并支持原发与转移状态的比较分析
基本信息
资源简介
肾细胞癌单细胞基因表达图谱
GSE328575 是一个围绕肾细胞癌开展的单细胞基因表达分析数据集，来源于 NCBI。该数据集通过单细胞转录组图谱刻画肾细胞癌的肿瘤内异质性，覆盖恶性与非恶性细胞群体，并支持原发与转移状态之间的比较分析。研究者利用其中的基因表达数据提取能够反映肾细胞癌细胞转录异质性的基因程序。数据集属于肿瘤 / 肾癌分类，包含 1 个文件，样例文件为 GSE328575_series_matrix.txt.gz，作者为 Ariel、Madrigal，发布时间为 Apr 20 202，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL24676 以及 9606。
【数据集背景】
肾细胞癌是一种具有显著分子与细胞异质性的肿瘤，肿瘤内部不同细胞群体在转录水平上可能存在明显差异，这种差异与疾病进展、转移及治疗反应等密切相关。单细胞基因表达分析能够在单个细胞层面解析肿瘤组织中的细胞构成和状态，从而弥补传统批量转录组分析对异质性信息平均化处理的不足。该数据集正是基于这一背景，对肾细胞癌进行单细胞水平的基因表达谱检测，旨在刻画肿瘤内异质性，并比较原发与转移疾病状态下的细胞群体特征。源站描述指出，该数据集通过单细胞转录组图谱表征恶性和非恶性细胞群体，并利用基因表达数据推导捕获肾细胞癌细胞转录异质性的基因程序。
【数据内容】
该数据集的核心内容是肾细胞癌的单细胞基因表达谱。根据源站描述，数据涵盖恶性与非恶性细胞群体，可用于比较原发与转移疾病状态。数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE328575_series_matrix.txt.gz，格式为 GZIP 压缩包。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 和 9606，分别对应高通量测序表达谱分析、平台标识以及人类物种标识。数据可用于提取反映肾细胞癌细胞转录异质性的基因程序。除上述信息外，源站未提供更详细的样本数量、细胞数量、基因数量或具体细胞类型组成。
【采集与来源】
该数据集来自 NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据集英文名称为 GSE328575: Single cell gene expression profiling of renal cell carcinoma，源站标题为 Single cell gene expression profiling of renal cell carcinoma。作者为 Ariel、Madrigal，发布时间为 Apr 20 202。主题标签中的 GPL24676 和 9606 提供了平台与物种层面的标识信息。关于具体的样本采集方式、伦理审批信息、测序建库细节以及数据处理流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肾细胞癌肿瘤内异质性的研究，尤其是需要在单细胞层面区分恶性与非恶性细胞群体的分析。由于数据支持原发与转移状态的比较，可用于探索疾病进展过程中细胞状态和基因表达程序的变化。此外，该数据集可用于推导和验证与肾细胞癌转录异质性相关的基因程序，也可作为单细胞转录组分析方法开发或基准测试的资源。对于关注高通量测序表达谱分析的研究者，该数据集提供了肾细胞癌单细胞水平的表达信息。具体适用场景需结合源站描述和实际数据内容进一步确认，源站未提供更详细的适用建议。
【使用方法】
使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE328575_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，需按相应格式进行读取和解压。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因格式或编码问题导致分析错误。由于数据集仅包含 1 个文件，使用时应确认该文件是否包含完整的表达矩阵及必要的样本注释信息。关于具体的读取工具、分析流程或代码示例，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI，具有明确的来源站和主题标签信息。其内容基于单细胞基因表达分析，能够反映肾细胞癌的肿瘤内异质性，并支持原发与转移状态的比较。然而，源站未提供样本量、细胞数、测序深度、数据质量控制指标或批次效应处理等信息，因此无法对数据质量进行更细致的评估。此外，数据集仅包含 1 个文件，可能限制了对原始数据或中间处理文件的获取。使用者在分析时应注意这些限制，并结合自身研究目的判断数据的适用性。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Ariel、Madrigal，发布时间为 Apr 20 202。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时，应参考 NCBI 源站的相关规定，并遵循源站可能列出的引用要求。由于源站未提供明确的许可信息，建议在使用前查阅源站页面以获取最新说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328575
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集通过单细胞基因表达分析描绘了肾细胞癌的肿瘤内异质性。生成单细胞转录组图谱以表征恶性和非恶性细胞群体，并促进原发性和转移性疾病状态之间的比较分析。基因表达数据用于推导基因程序，这些程序捕获了肾细胞癌细胞间的转录异质性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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