透明细胞肾细胞癌糖基化通路转录组分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE325575

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾癌最常见的亚型，其特征为代谢改变、免疫重塑和异常糖基化。尽管糖基化调控肿瘤细胞的信号传导、黏附、血管生成和免疫识别，但其与ccRCC免疫微环境的关系仍未完全明确。本研究分析了ccRCC肿瘤及癌旁正常肾组织的RNA测序图谱。糖链相关基因及参与糖链生物合成的380个糖基因可将ccRCC肿瘤与正常组织区分开来，并揭示了糖苷酶、N-糖链、O-糖链及糖基转移酶通路的改变。CIBERSORTx分析显示肿瘤中免疫细胞分布存在差异，Spearman相关性分析将糖基化通路活性与免疫细胞丰度相关联。糖基因表达进一步将ccRCC肿瘤分为两个亚型，其免疫特征、Siglec表达模式及总生存期各不相同。我们的结果强调了利用新策略靶向癌症相关糖基化机制改变的重要性，以提高ccRCC癌症治疗的特异性和疗效。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。