GSE315510：线粒体膜电位作为癌症免疫治疗中T细胞适应性与功能的生物标志物

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE315510

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数据说明

检查点抑制剂已改变癌症治疗格局，但预测响应仍具挑战。在动物模型中，肿瘤浸润淋巴细胞中的线粒体质量下降，并与抗肿瘤免疫受损相关。线粒体膜电位（MMP）随T细胞活化而增加，但也可能指示细胞功能障碍。在此，我们评估了非小细胞肺癌和透明细胞肾细胞癌患者中肿瘤相关T细胞的MMP，作为细胞表型和免疫治疗响应的指标。收集原发肿瘤后，在免疫检查点抑制（ICI）治疗前及治疗三周后分析外周血单核细胞（PBMC）。使用四甲基罗丹明乙酯（TMRE）分析PBMC T细胞的MMP，并分选为高和低群体。原发肿瘤的TCRβ和单细胞RNA测序鉴定并表征了与肿瘤微环境相关的外周血T细胞克隆。正如预期，ICI治疗增加了经历临床获益的患者中效应T细胞的频率。

外周血中具有与肿瘤匹配的TCRβ序列的TMRE高T细胞表现出氧化磷酸化基因特征升高。应激和耗竭相关的基因特征，如Tigit和Cmc1，在TMRE高CD8 T细胞群体中同样升高，而TMRE低细胞的基因表达模式则提示线粒体健康与细胞长寿。重要的是，ICI的临床获益与TMRE高CD8 T细胞基因表达特征呈负相关。这些发现突显了存在一个MMP升高的T细胞群体，其与T细胞耗竭样状态及免疫治疗应答失败相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。