肾髓质癌与透明细胞肾细胞癌单细胞转录组比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289672

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肾髓质癌（RMC）是一种罕见、高度侵袭性的肾脏恶性肿瘤，主要影响携带镰状细胞特征的非洲裔年轻个体。目前获批用于透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的靶向治疗和免疫治疗对RMC无效，这凸显了迫切需要针对RMC独特生物学和免疫特征量身定制的新型治疗方法。在此，我们对五例RMC患者和五例ccRCC患者的肿瘤样本进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），以界定其免疫代谢和转录组景观。差异表达分析鉴定出ENPP3和CA9为ccRCC中上调的独特细胞表面标志物，而MUC16、TROP2和EPCAM在RMC肿瘤细胞中上调。RMC表现出更为免疫抑制的肿瘤微环境（TME），T细胞和NK细胞浸润较低，但免疫抑制性SPP1+巨噬细胞富集，与ccRCC中免疫细胞更为丰富的TME形成对比。配体-受体相互作用分析显示ccRCC中VEGF-VEGFR信号更强，而RMC中APP-CD74信号增强。

肾单位解剖定位图谱显示，RMC起源于髓袢，而ccRCC则起源于近端小管细胞。我们揭示了二者存在显著的代谢重编程差异，与ccRCC相比，RMC表现出更高的氧化磷酸化（OXPHOS）水平和更低的糖酵解活性。这些发现已在体外实验中得以验证，与ccRCC细胞系相比，RMC细胞系显示出更高的耗氧量和更低的细胞外酸化率。总体而言，本研究强调了RMC与ccRCC在起源、基因表达模式及免疫代谢特征方面的显著差异，为未来针对RMC的个性化治疗策略提供了启示。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。