PBRM1 RNA-seq 数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE269428

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

哺乳动物SWI/SNF或BAF是多亚基复合物，通过与转录因子及其他染色质调控因子协同调节染色质可及性，从而调控细胞类型特异性基因表达。PBRM1是SWI/SNF复合物中PBAF类的复合物定义亚基。它在约40%的透明细胞肾细胞癌病例中发生突变，同时也与癌症进展和治疗耐药相关，提示其具有情境依赖性功能。我们此前报道，正常上皮细胞中PBRM1的缺失会导致部分上皮-间充质转化（EMT）。在本研究中，我们利用表观基因组学和转录组学方法来理解PBRM1在EMT调控基因表达中的机制作用，及其与全基因组组蛋白修饰的关系。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。