小鼠肾脏全生命周期性别差异调控的空间图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE252772

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在许多肾脏疾病和肾癌的发病率及进展中，存在明显的性别偏见。为了全面理解肾脏性别二态性的遗传和表观遗传调控，我们整合了单核RNA和ATAC测序（snRNA-Seq和snATAC-Seq）以及Visium空间转录组学（ST）数据，构建了一个空间分辨的、细胞类型特异性的小鼠肾脏分子图谱，涵盖了从胚胎、新生儿、青年、青春期、成年到老年的整个生命周期，且包括两性。我们证明，近端小管（PT）具有最多的性别偏向性差异表达基因（DEGs）（雄性和雌性分别为164和227个），这些基因在3周龄后出现，并与激素调节相关。值得注意的是，我们揭示了雌激素和雄激素分别间接和直接参与肾脏性别偏向性基因表达调节的潜在机制。具体而言，调节子分析显示，包括Socs2在内的一组雌性偏向性DEGs，可能通过催乳素诱导的Jak2/Stat5激活而间接受到雌激素的调控。

另一方面，染色质可及性研究鉴定出雄激素受体基序在雄性中显著富集，可能直接参与调控雄性偏向性差异表达基因，如Slco3a1、Serpinf2、Slc7a13、Slc22a30、Cyp4b1和Acsm2。从小鼠中鉴定出的性别偏向性差异表达基因，包括若干此前未被重点关注者，已通过免疫荧光及人肾脏多重成像数据得到验证。此外，老年雄性小鼠（92周）在亨利袢和近端小管中表现出更多衰老相关基因改变，而老年雌性小鼠则在成纤维细胞中表现出更多衰老相关基因改变。我们的结果为学界提供了丰富的资源，并增进了对肾脏在整个生命周期中空间分辨基因表达及激素调控性别二态性的理解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。