整合肿瘤与健康上皮的微生理多腔室方法研究肾细胞癌病理生理学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE244498

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数据说明

微生理系统（MPS）在生物医学研究中的出现，使得将更复杂、更具相关性的生理特征引入体外模型成为可能。在三维环境中重建复杂的形态学特征，能够再现传统模型中原本缺失的动态相互作用。在本研究中，我们开发了一种先进的体外肾细胞癌（RCC）模型，可模拟健康肾组织与恶性肾组织之间的相互作用。基于TissUse Humimic平台，我们的模型将健康的肾近端小管上皮细胞（RPTEC）与RCC相结合。在封闭的微灌流回路中，将重建的RPTEC小管与RCC球体共培养，导致小管发生了显著的表型变化。免疫因子表达分析显示，白细胞介素-8（IL-8）和肿瘤坏死因子-α（TNF-α）在非恶性细胞中上调，而中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白（NGAL）在RCC和RPTEC中均下调。代谢分析表明，RCC促使RPTEC小管的能量产生发生转变，诱导糖酵解，这种代谢适应可能支持RCC的生长和免疫原性。

相比之下，RCC保持了稳定的代谢活性，强调了其对外部因素的适应力。对原代RTPTEC小管的RNA-seq和生物学过程分析表明，3D小管结构和MPS条件使细胞恢复至以氧化磷酸化为主的状态，这与2D培养中观察到的糖酵解代谢不同。这种动态RCC共培养模型将健康肾小管的生理状态与RCC的生理状态相接近，为肿瘤-宿主相互作用提供了新的见解。我们的方法可以表明，RCC-MPS能够拓展肾癌研究中病理生理学和生物标志物研究的复杂性和范围。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。