不同无病生存期透明细胞肾细胞癌肺转移与原发肿瘤的表达数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE22541

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对转移扩散的理解仍然有限，导致转移特定特征的分子机制在很大程度上仍不清楚。这包括转移扩散后肿瘤细胞在次级器官中差异极大的休眠期——以患者的无病生存期（DFS）为代表——或不同患者之间转移数量的差异。了解这些现象的分子基础将有助于对患者结局进行个体化预测，并促进制定适当的监测和治疗方案。在第一项研究（PMID 19391132）中，我们分析了20例肾细胞癌肺转移灶（Met1-9、Met11-18、Met20、Met23、Met25）的全转录组表达谱，以识别与休眠期及每位患者转移数量相关的表达模式。该研究的预处理和分析数据可在GEO系列GSE14378中获取。在这第二项研究中，我们在另外四个转移灶上验证了第一项研究中与DFS相关的表达模式，并且还纳入了具有不同DFS的原发性ccRCC。

为此，所有转移灶和原发肿瘤的微阵列数据被一同预处理。这项第二研究的目的是识别那些在不同休眠期后形成的转移灶中差异表达，并且在原发肿瘤中已经失调的基因。在同步转移与异时转移中差异表达的基因可能在功能上对休眠期有所贡献。在原发透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中已经失调的基因可能适合用于预后目的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。