透明细胞肾细胞癌患者血浆差异表达长链非编码RNA与mRNA的微阵列及生物信息学分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE150833

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：长链非编码RNA（lncRNA）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的诊断作用仍未明确。我们旨在系统性地鉴定ccRCC患者与健康对照血浆中差异表达的lncRNA和mRNA。方法：通过微阵列分析检测ccRCC患者和健康对照血浆中lncRNA和mRNA的表达谱。采用基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路方法研究差异表达mRNA所影响的生物学功能和信号通路。选择SOCS2-AS1通过实时PCR进行验证。通过Venn和NetworkAnalyst网站将差异表达基因进一步与E-MTAB-1830数据集进行比较。在GEPIA和ULCAN网站分析差异表达mRNA的表达水平和总生存期（OS）。结果：与健康对照相比，热图和火山图共揭示3，664个差异表达的lncRNA，其中分别包括1，511个上调和2，153个下调（倍数变化≥2且P<0.05）。

在2，268个mRNA中观察到差异表达，其中932个mRNA上调，1，336个mRNA下调（倍数变化≥2且P<0.05）。基于失调mRNA的通路分析主要涉及黑色素生成和Hippo信号通路（P<0.05）。SOCS2-AS1在ccRCC血浆和组织以及细胞系中表达下调，与lncRNA微阵列结果一致。与E-MTAB-1830基因表达谱比较，我们鉴定出18个lncRNA和87个mRNA在ccRCC血浆和肿瘤组织中均有差异表达。根据GEPIA和ULCAN网站，10个mRNA（EPB41L4B、CCND1、GGT1、CGNL1、CYSLTR1、PLAUR、UGT3A1、PROM2、MUC12和PCK1）与ccRCC患者的总生存（OS）率相关。结论：我们首次报道了差异

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。