透明细胞肾细胞癌组织全局与靶向microRNA表达谱分析（发现阶段）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116251

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

约30%接受肾切除术的肾细胞癌（RCC）患者会出现疾病复发。本研究旨在分析在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤组织中失调且可预测复发的microRNA（miRNA）谱。通过NanoString检测平台，在一个由18例ccRCC患者组成的发现队列中，评估了配对肿瘤与正常组织中800个miRNA的表达水平。对发现差异表达的miRNA，进一步在205例患者的验证集中采用定量实时PCR进行检测。来自癌症基因组图谱中64例患者的肿瘤-正常数据用于外部验证。结果显示，28个miRNA在肿瘤组织中一致失调。二分法分析表明，miR-155-5p和miR-210-3p高水平患者ccRCC复发风险增加（分别为HR，2.64；95% CI，1.49-4.70；P=0.0009和HR，1.8；95% CI，1.04-3.12；P=0.036），且中位无复发生存时间短于低水平患者（log rank检验P<0.01）。基于miR-155-5p和miR-210-3p的表达水平生成风险评分，趋势检验显著（趋势P=0.005）。

通路分析显示，受miR-155-5p和miR-210-3p调控的靶基因主要富集于炎症相关通路。总之，我们鉴定并验证了ccRCC组织中多种失调的miRNA。MiR-155-5p和miR-210-3p可预测ccRCC复发，提示其作为生物标志物及潜在生物学机制的效用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。