基本信息

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创建/更新时间

2026-10-12

资源简介

19例终末期肾病肾细胞癌样本基因组图谱

本数据集收录了来自终末期肾病（ESRD）合并肾细胞癌（RCC）患者的19例肿瘤样本的基因组图谱数据。研究采用安捷伦全人类基因组4×阵列，通过阵列比较基因组杂交（array CGH）技术对这些样本进行分析，旨在揭示该特定患者群体中肾细胞癌的基因组变异特征。数据集属于肿瘤领域，聚焦肾癌方向，来源站为ebi.ac.uk。整体而言，该数据集为探索终末期肾病患者并发肾细胞癌的分子机制提供了公开的基因组层面数据资源，主题标签涵盖肿瘤、肾癌、肾细胞癌、终末期肾病、array CGH及基因组变异。

【数据集背景】

肾细胞癌是肾脏常见的恶性肿瘤，而终末期肾病患者由于长期肾功能衰竭及透析等治疗因素，其肾细胞癌的发生发展可能具有独特的分子特征。本研究针对这一特殊临床人群，选取了19例RCC-ESRD患者的肿瘤样本，利用array CGH技术进行全基因组水平的拷贝数变异分析。该数据集的建立有助于理解终末期肾病背景下肾细胞癌的基因组不稳定性，为后续寻找潜在生物标志物或治疗靶点提供基础数据支撑。源站描述中亦提及了19例来自RCC-ESRD患者的囊性疾病样本，表明该研究可能同时关注肿瘤与囊性病变的对比分析。

【数据内容】

数据集的核心内容为19例RCC-ESRD患者肿瘤样本的array CGH检测结果。检测平台为安捷伦全人类基因组4×阵列，该平台能够覆盖全基因组范围，用于检测DNA拷贝数的增益或缺失。数据主题标签包括肿瘤、肾癌、肾细胞癌、终末期肾病、array CGH和基因组变异，反映了数据所涉及的疾病类型、技术方法和变异类型。除肿瘤样本外，源站描述还提到19例来自RCC-ESRD患者的囊性疾病样本，但具体样本处理方式、数据文件格式及包含的变异位点数量等细节，源站未提供。

【采集与来源】

样本来源于终末期肾病合并肾细胞癌患者，共计19例肿瘤样本。检测方法为阵列比较基因组杂交，使用安捷伦全人类基因组4× Array。数据来源站为ebi.ac.uk。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息、患者临床特征（如年龄、性别、透析时长等）以及样本纳入排除标准，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肾细胞癌特别是终末期肾病相关肾细胞癌的基因组变异研究。研究人员可利用这些array CGH数据探索拷贝数变异模式，比较肿瘤样本与囊性疾病样本之间的基因组差异，或与其他肾癌数据集进行整合分析。此外，该数据也可用于方法学验证、生物信息学流程测试以及作为肾癌分子机制研究的参考资源。由于涉及特定临床亚群，该数据集对于理解ESRD背景下肾癌发生发展的独特性具有潜在价值。

【使用方法】

使用者可通过来源站ebi.ac.uk获取该数据集。具体的数据下载方式、文件格式、预处理步骤、标准化方法以及分析工具建议，源站未提供。建议用户根据array CGH数据的常规分析流程进行质量控制、归一化、拷贝数变异调用及可视化，但需注意本数据集的具体技术参数需参考源站说明。

【质量与限制】

该数据集样本量较小，仅包含19例肿瘤样本，可能限制统计功效和结论的普适性。由于仅采用array CGH技术，数据主要反映基因组拷贝数变异，无法检测点突变、小片段插入缺失、基因融合或表观遗传改变。此外，关于样本的临床病理特征、随访信息、对照设置及数据质控指标等，源站未提供，因此使用者需谨慎解释结果，避免过度推断。该数据集仅代表终末期肾病合并肾细胞癌这一特定人群，不能直接外推至散发性肾细胞癌或其他肾病相关肿瘤。

【引用与许可】

关于该数据集的引用要求、许可协议、使用限制及版权信息，源站未提供。建议使用者在发表相关成果时，直接查阅来源站ebi.ac.uk上的原始记录以获取准确的引用格式和许可条款。

原始链接

https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-DIXA-D-1105

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-DIXA-D-1105

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

S-DIXA-D-1105 肾病集合 E-GEOD-33117 来自终末期肾病患者的19例肾细胞癌样本的基因组分析在这项研究中，通过阵列比较基因组杂交分析了来自肾细胞癌（RCC）-终末期肾病（ESRD）患者的19例肿瘤样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别