10x Visium空间转录组数据集：包含三级淋巴结构的肾癌（3例）与肺癌（5例）
该数据集是一个包含肾癌（3例）和肺癌（5例）样本的空间转录组学数据集，数据模态包括基因表达矩阵、空间位置坐标和对应的H&E染色组织图像，主要用于研究肿瘤免疫微环境中三级淋巴结构的空间分布、基因表达特征及其在癌症进展与免疫治疗响应中的潜在作用。
基本信息
资源简介
10x Visium空间转录组数据集：包含三级淋巴结构的肾癌（3例）与肺癌（5例）
【数据集背景】
本数据集源站标题为《10x Visium Spatial Transcriptomics Dataset: Kidney (3) and Lung (5) Cancer with Tertiary Lymphoid Structures》。源站首次发布：2025-01-09。
【数据内容】
源站原始描述：The kidney and lung cancer dataset with tertiary lymphoid structures (TLS) consists of 5 μm thick FFPE sections from kidney (3) and lung (5) tumors obtained from the Institute of Pathology at the University Hospital of Zurich, mounted onto Visium slides with the Human Probe Set v1. The samples were stained with hematoxylin and eosin (H&E) and subsequently processed for sequencing following the manufacturer''s recommendations. After library preparation, the samples were sequenced on an Illumina…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 2.09 GB。数据集 DOI：10.5281/zenodo.14620362。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/records/14620362
使用许可：cc-by-4.0。
【使用注意】
· 源站最后修改于 2025-01-10，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Zenodo 公开直链）
源站：https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.14620362
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数据说明
该数据集是一个公开的医学研究数据集，包含来自苏黎世大学医院病理研究所的肾癌（3例）和肺癌（5例）肿瘤样本的空间转录组数据，重点关注肿瘤中的三级淋巴结构（TLS）。数据包括经福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的5微米厚组织切片，使用10x Genomics Visium平台和人类探针集v1进行空间转录组测序，并辅以苏木精-伊红（H&E）染色图像。测序在Illumina NovaSeq 6000平台上完成，使用Space Ranger v2.1.0进行初步处理。数据包含原始及过滤后的基因表达矩阵、空间位置信息、预处理后的AnnData对象以及高分辨率组织图像。专家对H&E图像中的Visium点进行了手动注释，标签包括TLS、免疫、肿瘤、正常和未分配。该数据集主要用于研究肿瘤免疫微环境、三级淋巴结构的空间分布与功能，以及空间转录组学在癌症研究中的应用。
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