卡波西肉瘤组织与正常组织RNA测序数据集
KS肿瘤与正常组织RNA-seq
基本信息
资源简介
卡波西肉瘤组织与正常组织RNA测序数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《RNA-seq of two Kaposi’s sarcoma tissue samples and the corresponding two normal tissue samples》。源站首次发布：Apr 22 202。
【数据内容】
源站原始描述：We have reported that KSHV infection reprograms oral mesenchymal stem cells (MSCs) and transforms them to Kaposi sarcoma-like cells through mesenchymal-to-endothelial transition. To explore the mechanism of KSHV infection of MSCs, we compared the gene expression profiles of Kaposi’s sarcoma tissue and KSHV non-susceptible cells to explore potential host factors that contribute to KSHV infection
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个。
【主题与分类】
主题标签：Expression profiling by high throughput sequencing、GPL16791、9606。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201321
【使用注意】
· 源站最后修改于 May 30 202，引用时请注意版本时效。
下载信息
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无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201321
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
包含两例卡波西肉瘤组织及其对应正常组织RNA-seq数据，用于宿主因子分析。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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