霍奇金淋巴瘤综合分子数据集

肿瘤领域表格公开数据集,来源:ncbi。

BC Cancer AgencyBC Cancer Agency
Gene Expression Omnibus
2019-03-25 更新
浏览 18
表格分类Expression profiling by arrayGPL5709606
GSE25990

基本信息

模态
表格
大小
0.12 GB
数据量
16
任务类型
分类
创建/更新时间
2019-03-25

资源简介

霍奇金淋巴瘤综合分子数据集

【一句话概览】

该数据集标题为霍奇金淋巴瘤,原始描述说明该超级系列由下列子系列组成。数据集包含 1 个文件,标签涉及 Expression profiling by array、GPL570 和 9606(来源 NCBI)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Hodgkin lymphoma》。源站首次发布:Dec 10 201。

【数据内容】

源站原始描述:This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):这个超级系列由下列子系列组成。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个。

【主题与分类】

主题标签:Expression profiling by array、GPL570、9606。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25990

【使用注意】

· 源站最后修改于 Mar 25 201,引用时请注意版本时效。

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数据集获取

源站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25990

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 0.12 GB。

数据说明

霍奇金淋巴瘤SuperSeries,整合表达谱、基因敲低和拷贝数变异相关子数据集。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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