JMJD5（KDM8）敲除与野生型HepG2细胞的RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE349221

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

JMJD5（KDM8）是一种依赖2-酮戊二酸的加氧酶，可羟化剪接因子ISY1，并通过ISY1调控精氨酸甲基转移酶PRMT6。为确定JMJD5缺失引起的蛋白质组变化中哪些在转录水平有所体现，我们对野生型HepG2细胞及同基因型CRISPR/Cas9 JMJD5敲除细胞的poly-A选择性RNA进行了测序，每种基因型四个生物学重复。甲硫氨酸和一碳代谢程序（包括BHMT和BHMT2）在转录水平被诱导，而大多数JMJD5依赖性蛋白质组变化并未在转录组中反映。该敲除由靶向单个编码外显子的两条向导RNA产生；测序显示两个原间隔序列之间发生了预期的切除，而总KDM8 mRNA基本不变，这与蛋白质缺失但稳定转录本保留的情况一致。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。