LL-100血液肿瘤细胞系RNA测序数据集

覆盖100个人类白血病和淋巴瘤细胞系,包括毛细胞白血病类别,可用于血液肿瘤表达分析。由DSMZ提供,来自DSMZCellDive,数据格式为表格,适用于分类任务。

DSMZDSMZ
DSMZCellDive
2026-01-01 更新
浏览 24
表格分类RNA-seqleukemialymphomablood cancercell linesLL-100T-cellB-cellmyeloid
LL-100 RNA-seq

基本信息

模态
表格
数据量
100
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-01-01

资源简介

LL-100血液肿瘤细胞系RNA测序数据集

【一句话概览】

LL-100 是一个面向血液肿瘤研究的 100 株细胞系 panel,覆盖人类白血病和淋巴瘤的 22 种类型,包括 T 细胞、B 细胞和髓系恶性肿瘤。所有细胞系均经过明确鉴定并归属正确组织,且证实无支原体和非固有病毒污染。该 panel 采用统一方法进行了全外显子组测序和 RNA 测序。其 RNA-seq 数据经 Salmon 定量、DESeq2 标准化,可用于可视化单个基因或基因集的表达(来源 celldive.dsmz.de)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《LL-100 RNA-seq》。

【数据内容】

源站原始描述:The LL-100 panel 100 cell lines for blood cancer studies. The RNA-seq data from the LL-100 panel (ArrayExpress; ENA) allow to visualise the expression of single genes (bar chart) or for sets of genes (bar chart, heat map). Different to the description of the cited paper below, RNA-seq data were quantified via Salmon and normalised via DESeq2. The LL-100 panel: 100 cell lines for blood cancer studies. For many years, immortalized cell lines have been used as model systems for cancer research. Cel…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):LL-100血液癌症研究细胞系组合。来自LL-100组合(ArrayExpress;ENA)的RNA-seq数据能够可视化单个基因(条形图)或基因集(条形图、热图)的表达。与下述引用论文的描述不同,RNA-seq数据通过Salmon进行定量,并通过DESeq2进行归一化。LL-100组合:100种用于血液癌症研究的细胞系。多年来, immortalized细胞系一直被用作癌症研究的模型系统。细胞系组合被建立用于基础研究和药物开发,但并未涵盖白血病和淋巴瘤的全部谱系。因此,我们现在开发了一个新的组合(LL-100),包含100种细胞系,涵盖了人类白血病和淋巴瘤的22种实体,包括T细胞、B细胞和髓系恶性肿瘤。重要的是,所有细胞系均经过明确鉴定,并正确归属于相应组织。细胞系样本被证明不含支原体和非固有病毒污染。对这100种细胞系进行了全外显子组测序和RNA测序,采用统一方法,以补充这些公开可用细胞系的现有数据。

【主题与分类】

主题标签:RNA-seq、leukemia、lymphoma、blood cancer、cell lines、LL-100、T-cell、B-cell、myeloid。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://celldive.dsmz.de/rna/ll-100

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源站:https://celldive.dsmz.de/rna/ll-100

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

覆盖100个人类白血病和淋巴瘤细胞系,包括毛细胞白血病类别,可用于血液肿瘤表达分析。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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