伊拉斯姆斯胶质瘤数据库

该数据集是一个针对胶质瘤的多模态医学数据库,包含774名患者的术前结构磁共振成像(MRI)扫描、基因突变状态(如IDH、1p/19q)、组织病理学特征(WHO 2016亚型)以及全肿瘤分割数据,主要应用于研究胶质瘤影像表现与基因病理关联、开发自动分割算法,支持医学影像分析、肿瘤基因组学和计算机辅助诊断等方向。

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www-acc.healthinformationportal.eu
2023-03-31 更新
浏览 31
医学影像分析胶质瘤研究
Erasmus Glioma Database

基本信息

创建/更新时间
2023-03-31

资源简介

伊拉斯姆斯胶质瘤数据库(EGD)是一个公开的多模态医学数据集,专门针对胶质瘤患者。该数据集包含774名在2008年至2018年间于伊拉斯姆斯医学中心接受治疗的患者(年龄范围19-86岁)的术前结构磁共振成像(MRI)扫描、基因与组织病理学特征(依据WHO 2016分类标准)以及全肿瘤分割数据。MRI数据涵盖T1加权平扫、T1加权增强、T2加权和T2加权FLAIR序列,采集自不同厂商的多种扫描仪,并已配准至公共图谱并进行了去身份化处理。基因与病理数据包括IDH突变状态(467例)、1p/19q共缺失状态(259例)和肿瘤分级(716例),其中415例患者拥有完整的WHO 2016亚型信息。此外,数据集提供了374例患者的手动分割和400例患者的自动生成分割结果。该数据库主要用于研究胶质瘤在MRI影像上的视觉表现与基因、病理特征之间的关联,并支持开发自动分割算法,适用于医学影像分析、肿瘤基因组学和计算机辅助诊断等领域。

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

伊拉斯姆斯胶质瘤数据库(EGD)是一个公开的多模态医学数据集,专门针对胶质瘤患者。该数据集包含774名在2008年至2018年间于伊拉斯姆斯医学中心接受治疗的患者(年龄范围19-86岁)的术前结构磁共振成像(MRI)扫描、基因与组织病理学特征(依据WHO 2016分类标准)以及全肿瘤分割数据。MRI数据涵盖T1加权平扫、T1加权增强、T2加权和T2加权FLAIR序列,采集自不同厂商的多种扫描仪,并已配准至公共图谱并进行了去身份化处理。基因与病理数据包括IDH突变状态(467例)、1p/19q共缺失状态(259例)和肿瘤分级(716例),其中415例患者拥有完整的WHO 2016亚型信息。此外,数据集提供了374例患者的手动分割和400例患者的自动生成分割结果。该数据库主要用于研究胶质瘤在MRI影像上的视觉表现与基因、病理特征之间的关联,并支持开发自动分割算法,适用于医学影像分析、肿瘤基因组学和计算机辅助诊断等领域。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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