小鼠肿瘤易感性生殖细胞单细胞RNA测序数据集

该数据集通过单细胞RNA测序技术,提供了小鼠睾丸畸胎瘤模型中肿瘤易感性生殖细胞的基因表达数据,属于单细胞转录组模态,主要用于研究生殖细胞肿瘤的发病机制、NANOS2基因在性分化与肿瘤转化中的作用,以及Myc信号通路与多能性相关基因在肿瘤发生中的调控网络,为生殖细胞肿瘤的遗传风险因素和分子病理学提供重要资源。

Baylor College of MedicineBaylor College of Medicine
干细胞与再生医学数据中心
2022-02-20 更新
浏览 18
单细胞RNA测序肿瘤易感性
Single-cell RNA sequencing of murine tumor-susceptible germ cells

基本信息

许可
openSource
创建/更新时间
2022-02-20

资源简介

小鼠肿瘤易感性生殖细胞单细胞RNA测序数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Single-cell RNA sequencing of murine tumor-susceptible germ cells》。源站首次发布:2022-02-20。

【数据内容】

源站原始描述:In response to signals from the embryonic testis, germ cell intrinsic factor NANOS2 coordinates a sex-specific transcriptional program necessary for differentiation of pluripotent-like primordial germ cells toward a unipotent spermatogonial stem cell fate. Emerging evidence indicates that genetic risk factors contribute to testicular germ cell tumor initiation by disrupting sex-specific differentiation. Here, using a mouse model of spontaneous testicular teratomas, we report that a subpopulation…

【主题与分类】

主题标签:小鼠、胚胎、转录组。

【获取与许可】

源站页面:http://data.iscr.ac.cn/Article?id=75df3e8fd55a7066a01188c8e9323950

使用许可:openSource。

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集基于小鼠自发性睾丸畸胎瘤模型,通过单细胞RNA测序技术,探究了生殖细胞在肿瘤发生过程中的转录组特征。数据包含生殖细胞的基因表达谱,特别关注了NANOS2基因缺失对生殖细胞命运的影响,揭示了其与Myc信号通路、原始多能性以及胚胎性癌细胞的转化关联。数据来源于贝勒医学院的研究,通过实验构建,主要应用于生殖细胞肿瘤的发病机制、遗传风险因素以及性分化异常相关肿瘤的研究。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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