可诱导原始生殖细胞分化的中间多能干细胞衍生数据集
该数据集包含从小鼠、马和人类来源衍生的中间多能干细胞、胚胎干细胞及诱导多能干细胞的分子与表型数据，涉及转录组学等模态，主要用于研究哺乳动物多能性状态、原始生殖细胞的体外诱导机制及其在生殖发育和再生医学中的应用。
基本信息
资源简介
可诱导原始生殖细胞分化的中间多能干细胞衍生数据集
【一句话概览】
研究开发出一种从囊胚中衍生中间态多能干细胞的方法，这些细胞在转录层面与小鼠胚胎第5-6天外胚层相似，并能在体外高效诱导原始生殖细胞、在体内实现生殖系传递。同一培养体系还支持从马囊胚衍生胚胎干细胞，以及从马和人成纤维细胞衍生无转基因诱导多能干细胞，这些细胞也可在体外直接诱导为原始生殖细胞样细胞。该研究涉及32个受试样本，为研究哺乳动物多能性和早期原始生殖细胞发育提供了新工具（来源 db.cngb.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Derivation of intermediate pluripotent stem cells amenable to primordial germ cell specification》。
【数据内容】
源站原始描述：Dynamic pluripotent stem cell (PSC) states represent in vitro adaptations of the in vivo pluripotency continuum. Decades of studies have generated a number of PSCs with distinct molecular and phenotypic features. To date, however, no known PSCs have demonstrated direct primordial germ cell (PGC) specification responsiveness, a property unique to the embryonic day 5-6 (E5-6) epiblast in mice. Here, we developed a method that enabled the derivation of intermediate PSCs from mouse blastocysts, whic…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：动态多能干细胞（PSC）状态代表了体内多能性连续统一体在体外的一种适应。数十年的研究已产生了多种具有不同分子和表型特征的PSC。然而，迄今为止，尚未有已知的PSC展示出直接原始生殖细胞（PGC）特化的响应性，这是小鼠胚胎第5-6天（E5-6）上胚层独有的特性。在此，我们开发了一种方法，能够从 mouse blastocysts 中衍生出中间态PSC，这些细胞不仅与E5-6上胚层在转录水平上相似，而且能够在体外高效特化为PGC，并在体内实现种系传递。相同的培养体系还支持从 horse blastocysts 中衍生出胚胎干细胞（ESC），以及从 horse 和 human fibroblasts 中衍生出无转基因的诱导多能干细胞（iPSC），这些细胞同样能在体外被直接诱导为类PGC细胞。具备PGC响应性的PSC对于研究哺乳动物多能性和早期PGC发育具有不可估量的价值，我们的方法可能广泛适用于从其他哺乳动物物种中衍生类似的干细胞。
【主题与分类】
主题标签：pluripotent stem cells、primordial germ cell、mouse、horse、human、raw sequence reads、Multiisolate。
【获取与许可】
源站页面：https://db.cngb.org/search/project/CNP0000447/
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://db.cngb.org/search/project/CNP0000447/
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本数据集来源于一项研究中间多能干细胞（intermediate pluripotent stem cells, iPSCs）的衍生及其在原始生殖细胞（PGC）诱导中的应用。数据内容包括从小鼠囊胚中衍生的中间多能干细胞，这些细胞在转录水平上与小鼠胚胎第5-6天（E5-6）的上胚层相似，并能够在体外高效分化为原始生殖细胞样细胞，以及在体内实现生殖系传递。此外，数据集还涵盖了从马囊胚中衍生的胚胎干细胞（ESCs），以及从马和人类成纤维细胞中诱导的无转基因诱导多能干细胞（iPSCs），这些细胞同样可被直接诱导为原始生殖细胞样细胞。数据来源基于实验构建，包括转录组学、细胞表型等分子特征数据。该数据集主要用于研究哺乳动物多能性、早期原始生殖细胞发育机制，以及干细胞在生殖生物学和再生医学中的应用。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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