胆囊癌多阶段转录组数据集

覆盖正常胆囊、慢性炎症、腺瘤、早期胆囊癌和晚期胆囊癌样本,用于胆囊癌演进分析。由NCBI GEO提供,来自Gene Expression Omnibus,数据格式为表格,包含20条数据记录,适用于分类任务。

NCBI GEONCBI GEO
Gene Expression Omnibus
2023-04-01 更新
浏览 23
表格分类GPL246769606
GSE202479

基本信息

模态
表格
大小
0.033554432 GB
数据量
20
任务类型
分类
创建/更新时间
2023-04-01

资源简介

胆囊癌多阶段转录组数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《RNA sequencing revealed the multi-stage transcriptome transformations during the development of gallbladder cancer associated with chronic inflammation》。源站首次发布:May 08 202。

【数据内容】

源站原始描述:Purpose Gallbladder cancer (GBC) is a highly malignant tumor with extremely poor prognosis. Previous studies have suggested that the carcinogenesis and progression of GBC is a multi-stage and multi-step process, but most of them focused on the genome changes. And a few studies just compared the transcriptome differences between tumor tissues and adjacent noncancerous tissues. The transcriptome changes, relating to every stage of GBC evolution, have rarely been studied. Methods We selected three…

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个。

【主题与分类】

主题标签:Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676、9606。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE202479

【使用注意】

· 源站最后修改于 Apr 01 202,引用时请注意版本时效。

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

覆盖正常胆囊、慢性炎症、腺瘤、早期胆囊癌和晚期胆囊癌样本,用于胆囊癌演进分析。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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