癌症基因组图谱食管癌数据集合
该数据集是癌症基因组图谱(TCGA)食管癌数据集合,包含临床、遗传、病理和影像学等多模态数据,通过匹配患者标识符连接TCGA与TCIA数据库,旨在研究食管癌的组织基因型、放射学表型与临床预后之间的关联,为癌症基因组学、影像组学和精准医疗提供关键资源。

基本信息
资源简介
癌症基因组图谱食管癌数据集合
【一句话概览】
本数据集是 TCIA 公开数据集,收录 合计 10.94 GB、16 例受试者,主题涵盖 Esophageal Carcinoma,源站分类为 CT,CC BY 3.0 许可开放获取。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《The Cancer Genome Atlas Esophageal Carcinoma Collection》。源站首次发布:2020/05/29。
【数据内容】
源站原始描述:Matched TCGA patient identifiers allow researchers to explore the TCGA/TCIA databases for correlations between tissue genotype, radiological phenotype and patient outcomes. Tissues for TCGA were collected from many sites all over the world in order to reach their accrual targets, usually around 500 specimens per cancer type. For this reason the image data sets are also extremely heterogeneous in terms of scanner modalities, manufacturers and acquisition protocols. In most cases the images were a…
中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):匹配的 TCGA 患者标识符使研究人员能够探索 TCGA/TCIA 数据库,以寻找组织基因型、放射学表型与患者结局之间的相关性。TCGA 的组织是从全球许多站点采集的,以达到其招募目标,通常每种癌症类型约 500 份标本。因此,这些影像数据集在扫描仪模态、制造商和采集方案方面也极其异质。在大多数情况下,这些图像是作为常规诊疗的一部分获取的,而不是作为受控研究或临床试验的一部分获取的。
【数据结构与技术规格】
数据集 DOI:10.7937/K9/TCIA.2016.VPTNRGFY。
【主题与分类】
源站学科分类:CT。主题标签:Esophageal Carcinoma。
【适用方向】
源站学科分类标注为 CT。
【获取与许可】
源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/collection/tcga-esca/
使用许可:CC BY 3.0(https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/)。
规范引用:L ucchesi, F. R., & Aredes, N. D. (2016). The Cancer Genome Atlas Esophageal Carcinoma Collection (TCGA-ESCA) (Version 3) [Data set]. The Cancer Imaging Archive
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取(TCIA 标准方式)
方式一:NBIA 搜索
- 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
- 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
- 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。
方式二:NBIA API(程序化)
curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json
方式三:TCIA Manifest + dicomsort
在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。
数据说明
该数据集是癌症基因组图谱(TCGA)食管癌(TCGA-ESCA)数据集合,旨在构建一个连接癌症表型与基因型的研究社区。数据集包含匹配的临床影像数据与来自TCGA的受试者信息,其中临床、遗传和病理数据存储于基因组数据共享(GDC)门户,而放射学数据则存储于癌症影像存档(TCIA)。数据来源于全球多个站点,涵盖了约500例食管癌样本,影像数据具有高度异质性,涉及不同扫描设备、制造商和采集协议,主要用于探索食管癌的组织基因型、放射学表型与患者预后之间的关联,支持癌症基因组学、影像组学和临床转化研究。
数据加载示例(DICOM 影像)
import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array
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