IDC TCGA-ESCA 食管癌影像数据集
该集合属于为 TCGA 基因组分析数据补充放射影像的更大计划的一部分,由美国癌症影像计划(CIP)与多家 TCGA 组织贡献机构合作,归档经基因分析的 ESCA 病例的放射影像,并包含经 DICOM 转换的 Slide Microscopy 组织病理图像

基本信息
资源简介
IDC TCGA-ESCA 食管癌影像数据集
IDC TCGA-ESCA 是一个聚焦食管癌的肿瘤影像数据集,归属于肿瘤 / 食管癌分类,来源站为 portal.imaging.datacommons.cancer.gov。该数据集围绕食管癌(Esophageal Carcinoma)这一癌种构建,肿瘤部位为食管(Esophagus),共纳入 185 名受试者。它是癌症基因组图谱(TCGA)食管癌(TCGA-ESCA)数据集合的一部分,其目标是在 TCGA 已有的基因组分析数据基础上补充经过特征化的放射影像,并同时涵盖经 DICOM 转换的 Slide Microscopy 组织病理图像,从而为食管癌的多模态研究提供影像层面的支持。
【数据集背景】
该数据集合是旨在强化 TCGA 数据集的一项更大努力的一部分。TCGA 本身是一个以癌症基因组分析为核心的项目,而本集合的定位是在其基础上补充经过特征化的放射影像。具体而言,美国癌症影像计划(Cancer Imaging Program,CIP)与多家参与 TCGA 组织贡献的机构开展合作,致力于归档经基因分析的食管癌(ESCA)病例的放射影像。这一工作的意义在于,将基因层面的分析与影像层面的信息相结合,使同一批病例同时具备分子与影像两个维度的资料。该集合对应的癌种为食管癌,肿瘤部位为食管,共涉及 185 名受试者。
【数据内容】
从内容构成看,该集合主要包含两类影像资料:一是放射影像,二是经 DICOM 转换的 Slide Microscopy 组织病理图像。前者是 TCGA-ESCA 数据集合的核心组成部分,用于为经基因分析的食管癌病例提供影像支持;后者则以 DICOM 格式呈现组织病理切片显微图像,扩展了该集合在病理影像方面的覆盖。关于放射影像的具体模态、序列构成、图像数量等细节,源站未提供。关于组织病理图像的具体数量、染色方式、扫描参数等细节,源站未提供。
【采集与来源】
该集合的来源站为 portal.imaging.datacommons.cancer.gov。其数据来源于 TCGA-ESCA 相关病例,由美国癌症影像计划(CIP)与多家 TCGA 组织贡献机构合作完成归档工作。所归档的对象是经基因分析的 ESCA 病例的放射影像。关于采集设备、采集时间、扫描协议、机构分布等具体信息,源站未提供。
【适用场景】
基于其癌种与内容构成,该集合可用于食管癌相关的影像研究,尤其是需要将放射影像与基因组分析数据结合使用的场景。由于集合同时包含放射影像与经 DICOM 转换的组织病理图像,也可用于涉及影像与病理对照的多模态研究。此外,该集合作为 TCGA 数据集的影像补充部分,适合用于需要以 TCGA 食管癌病例为基础、并希望获得配套影像资料的研究工作。关于具体的算法训练、模型验证等用途,源站未提供明确说明。
【使用方法】
如需了解该集合的放射影像详情并获取配套的支撑性元数据,可参阅 TCGA-ESCA 的专属页面(对应 DOI:10.7937/K9/TCIA.2016.VPTNRGFY)。如需了解该集合的组织病理学相关内容,可参阅 TCGA-ESCA 集合的 DICOM 转换 Slide Microscopy 图像页面(对应 DOI:10.5281/zenodo.12690012)。关于数据下载方式、访问权限、工具支持等具体操作细节,源站未提供。
【质量与限制】
该集合共纳入 185 名受试者,聚焦单一癌种(食管癌)与单一肿瘤部位(食管)。关于图像质量、标注完整性、数据缺失情况、偏倚等具体质量指标与限制条件,源站未提供。
【引用与许可】
该集合涉及两个可参考的页面:TCGA-ESCA 页面(DOI:10.7937/K9/TCIA.2016.VPTNRGFY)与 DICOM 转换 Slide Microscopy 图像页面(DOI:10.5281/zenodo.12690012)。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://portal.imaging.datacommons.cancer.gov/explore/filters?collection_id=tcga_esca
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
IDC 数据集 TCGA-ESCA。癌症类型:食管癌。肿瘤位置:食管。受试者:185 例。癌症基因组图谱-食管癌(TCGA-ESCA)数据收集是旨在通过特征性放射影像增强 TCGA(http://cancergenome.nih.gov/)数据集的更大努力的一部分。癌症影像计划(CIP)(https://imaging.cancer.gov/)与多家 TCGA 组织贡献机构合作,正在努力归档经基因分析的 ESCA 病例的大部分放射影像。请参阅 TCGA-ESCA(https://doi.org/10.7937/K9/TCIA.2016.VPTNRGFY)页面,以了解有关放射影像的更多信息并获取该数据集的支持性元数据。请参阅 TCGA-ESCA 数据集的 DICOM 转换幻灯片显微图像(https://doi.org/10.5281/zenodo.12690012)页面,以了解有关组织病理学图像的更多信息并获取该数据集的支持性元数据。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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