DIPG中嘌呤代谢失调揭示老药新治疗策略
该数据集为GSE249167 SuperSeries,主题为DIPG中嘌呤代谢失调并探索以旧药开展新治疗策略,属于肿瘤与弥漫性中线胶质瘤(DMG)方向

基本信息
资源简介
DIPG中嘌呤代谢失调揭示老药新治疗策略
GSE249167 是一个以“DIPG 中嘌呤代谢失调并探索以旧药开展新治疗策略”为主题的数据集,源站标题为“Dysregulated purine metabolism in DIPG reveals new treatment strategies with old drugs.”。该数据集在来源站被标注为 SuperSeries,其描述指出它由下方列出的 SubSeries 组成。数据集归属于肿瘤与弥漫性中线胶质瘤(DMG)方向,涉及基因组结合/占据谱分析,采用高通量测序技术,物种为 9606(人类),平台为 GPL24676。数据集作者为 Matthew 与 Weirauch,发布时间为 Dec 01 202。整体来看,该数据集围绕 DIPG 中嘌呤代谢异常这一核心问题,结合高通量测序产生的基因组结合或占据信息,为理解相关分子机制并探索以已有药物进行干预的治疗思路提供数据基础。
【数据集背景】
该数据集的主题聚焦于 DIPG(弥漫性内生型脑桥胶质瘤)中嘌呤代谢的失调,并试图在此基础上探索利用旧药开展新治疗策略的可能性。DIPG 属于弥漫性中线胶质瘤(DMG)范畴,本站分类将其归入肿瘤 / 弥漫性中线胶质瘤(DMG)。从标题与主题标签来看,研究关注的是嘌呤代谢通路异常如何与 DIPG 的病理过程相关联,以及是否可以通过已有药物重新定位来干预这一过程。数据集在来源站以 SuperSeries 形式组织,源站描述明确说明该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成,意味着它可能整合了多个子系列的数据,以支撑围绕同一主题的多层次分析。作者信息显示为 Matthew 与 Weirauch,发布时间为 Dec 01 202。
【数据内容】
该数据集的文件数量为 1,文件样例为 GSE249167_series_matrix.txt.gz。从文件命名与格式来看,该文件为 GZIP 压缩包,通常用于存储系列矩阵信息。主题标签包括“Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing”,表明数据涉及通过高通量测序进行的基因组结合或占据谱分析;平台标注为 GPL24676,物种标注为 9606,即人类。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成,未进一步提供每个 SubSeries 的具体内容、样本数量、测序深度或分析结果。除上述文件外,未提供其他数据文件或补充材料的信息。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据集在来源站以 SuperSeries 形式发布,源站描述指出其由下方列出的 SubSeries 组成。主题标签中包含了高通量测序相关的基因组结合/占据谱分析类型,平台为 GPL24676,物种为人类(9606)。作者为 Matthew 与 Weirauch,发布时间为 Dec 01 202。关于具体的样本采集方式、实验设计、测序策略、细胞系或组织来源、伦理审批信息等,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于围绕 DIPG 中嘌呤代谢失调及其治疗策略的研究场景。由于主题标签涉及基因组结合/占据谱分析,并采用高通量测序,潜在用途包括分析转录因子或其它 DNA 结合蛋白在基因组上的占据情况,进而与嘌呤代谢相关基因或通路的调控联系起来。该数据集也可用于探索以旧药开展新治疗策略的思路,例如在理解代谢失调机制的基础上,评估已有药物是否可能干预相关靶点或通路。此外,作为 SuperSeries,它可能适合用于整合多个 SubSeries 的元分析或跨子系列比较,但具体子系列内容需参考源站进一步信息。对于肿瘤与弥漫性中线胶质瘤(DMG)方向的研究者,该数据集可作为背景数据或验证数据使用。
【使用方法】
使用该数据集时,可先下载数据文件 GSE249167_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,读取时需按 GZIP 格式解压或直接以支持 GZIP 的工具打开。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。由于文件为系列矩阵格式,通常包含样本信息、平台信息以及表达或结合信号等矩阵数据,具体字段需以实际文件内容为准。若需获取 SubSeries 的详细信息,应参考来源站中该 SuperSeries 下方列出的子系列。对于高通量测序产生的基因组结合/占据谱数据,后续分析可能涉及峰值识别、注释、富集分析等通用流程,但本数据集是否包含原始测序读段或仅提供处理后的矩阵,源站未提供明确说明。
【质量与限制】
该数据集的文件数量为 1,文件样例为 GSE249167_series_matrix.txt.gz,未提供其他数据文件或补充材料。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成,未提供各 SubSeries 的具体内容、样本量、测序质量指标、重复数或统计功效等信息。发布时间为 Dec 01 202,年份部分不完整,可能影响对数据时效性的判断。主题标签中虽包含高通量测序与基因组结合/占据谱分析,但未说明具体实验条件、抗体、细胞状态或处理方式。因此,在使用该数据集时,需注意其元数据有限,可能无法独立支撑完整的实验重现或深入的机制推断。关于数据质量、批次效应、归一化方法等,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Matthew 与 Weirauch,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用方式、许可协议、使用限制或版权声明,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应直接参考来源站页面中的引用指南与许可条款。由于源站未提供具体许可信息,无法确认是否允许商业使用、再分发或修改。建议在正式使用前查阅来源站的相关政策,并按照来源站要求进行引用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE249167
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.
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