ENA数据集DAVELAB样本
该数据集来自 omicsdi.org,包含弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的基因组学数据,具体为1001例DLBCL患者的外显子测序数据和775例DLBCL患者的RNA测序数据

基本信息
资源简介
ENA数据集DAVELAB样本
ena-DATASET-DAVELAB-01-09-2017-13:58:58:766-116 - samples 是一个面向弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)研究的基因组学数据集,收录于 omicsdi.org,并在本站归类于肿瘤 / 弥漫性大B细胞淋巴瘤方向。该数据集的核心内容由两类高通量测序数据构成:其一为 1001 例 DLBCL 患者的外显子测序数据,其二为 775 例 DLBCL 患者的 RNA 测序数据。围绕肿瘤基因组学这一主题,该数据集可用于观察 DLBCL 在 DNA 层面的编码区变异特征以及在 RNA 层面的转录表达特征,为理解该疾病的分子基础提供数据支撑。其主题标签为 Genomics,表明数据组织与使用场景主要落在基因组学分析范畴之内。
【数据集背景】
弥漫性大B细胞淋巴瘤是淋巴系统肿瘤中较为常见且异质性较强的一类疾病。围绕该类肿瘤的研究通常需要结合多种高通量测序手段,从基因组与转录组两个层面获取信息。该数据集正是在这一研究背景下形成,聚焦 DLBCL 患者样本,提供外显子测序与 RNA 测序两类数据,以支持对肿瘤分子特征的探索。数据集来源于 omicsdi.org,本站将其归入肿瘤 / 弥漫性大B细胞淋巴瘤分类,主题标签为 Genomics。
【数据内容】
该数据集包含两类测序数据。第一类为外显子测序数据,覆盖 1001 例 DLBCL 患者;第二类为 RNA 测序数据,覆盖 775 例 DLBCL 患者。两类数据的患者例数不同,说明并非所有纳入外显子测序的病例都同时具备 RNA 测序数据,反之亦然。就数据主题而言,外显子测序通常用于考察蛋白编码区域及其附近的序列变异,RNA 测序通常用于考察转录本表达与转录层面的变化。该数据集以样本为单位组织,数据集名称中亦包含 samples 字样。除上述两类测序数据及对应患者例数外,源站未提供更细的字段说明、样本清单、文件格式或数据规模信息。
【采集与来源】
该数据集来自 omicsdi.org。源站对其描述为:Exome sequencing data for 1001 DLBCL patients and RNA sequencing data for 775 DLBCL patients。本站分类为肿瘤 / 弥漫性大B细胞淋巴瘤,主题标签为 Genomics。关于样本采集地点、采集时间、机构来源、伦理审批信息以及具体测序平台与建库流程,源站未提供。
【适用场景】
基于其数据构成,该数据集适用于 DLBCL 相关的基因组学与转录组学研究场景,例如在外显子层面考察编码区变异,在 RNA 层面考察基因表达特征,或结合两类数据开展分子分型、标志物探索等分析。由于数据集同时覆盖较大规模的 DLBCL 患者样本,也可用于群体层面的分子特征归纳与比较研究。上述适用方向系依据数据类型的通用用途而提出,源站未提供该数据集的具体研究结论或应用案例。
【使用方法】
该数据集以样本形式组织,使用时应先明确所需分析对应的是外显子测序数据还是 RNA 测序数据,并注意两类数据的患者例数分别为 1001 例与 775 例,样本集合并不完全一致。关于数据的下载方式、访问地址、文件组织方式、参考基因组版本、分析流程与推荐工具,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的两类数据分别覆盖 1001 例和 775 例 DLBCL 患者,样本规模较大,但两类数据对应的患者数量不一致,联合分析时需考虑样本匹配问题。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、缺失情况、批次效应以及数据更新情况,源站未提供。使用时应结合自身研究目的评估数据适用性。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制与获取条件,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001003600
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Exome sequencing data for 1001 DLBCL patients and RNA sequencing data for 775 DLBCL patients
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