PXD001271：成熟fragilysin处理的HT-29 LC-MS/MS

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001271

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Fragilysin 是由产毒脆弱拟杆菌菌株分泌的一种蛋白质。Fragilysin 具有一个 HEXXHXXGXXH 基序，这是在被称为 metzincins 的金属蛋白酶族中发现的一种锌结合基序。在本研究中，我们在 Escherichia coli 中获得了所有三种已知的重组 Fragilysin 同工型，并检测了其活性。我们未检测到所有同工型对明胶和显色底物（如 azocoll 和 azocasein）的切割。我们证明，用 Fragilysin 处理 HT-29 细胞可引起 E-cadherin 切割；然而，无论是重组 E-cadherin 还是分离细胞组分中的 E-cadherin，均未观察到切割。结果表明，金属蛋白酶所特有的活性位点天然结构是 Fragilysin 生物学活性所必需的。我们检测到 HT-29 细胞经 Fragilysin 处理后释放到培养基中的蛋白质。这些蛋白质是 Fragilysin 的潜在底物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。