运动前后人血清处理小鼠肠道腺瘤类器官的RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB127880

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本实验研究了小鼠肠道腺瘤类器官对急性运动诱导的循环因子的转录组反应。来源于Lgr5-creER;Apcfl/fl小鼠模型的肠道腺瘤类器官与1%人血清共培养，该血清采集于最大递增 cycling 运动测试前或后即刻。使用来自六名参与者（包括三名年轻人和三名老年人）的配对运动前和运动后血清样本刺激类器官五天。随后提取总RNA，制备poly(A)富集的mRNA文库并在Illumina平台上测序。reads比对到Mus musculus GRCm38参考基因组并量化转录本丰度。采用差异表达和基因集富集分析来检查各年龄组内对运动后与运动前血清的转录组反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。