5-aza-deoxy-cytidine处理的HT29细胞表达数据

源站描述指出该SuperSeries由下列SubSeries组成,具体信息需参考各子系列。数据可用于转录组层面的基因表达分析,支持结肠癌细胞在药物处理下的表达变化研究(来源 omicsdi.org)

omicsdi
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基因组Transcriptomics
Expression data for HT29 cells treated with 5-aza-deoxy-cytidine

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

5-aza-deoxy-cytidine处理的HT29细胞表达数据

该数据集英文名为 Expression data for HT29 cells treated with 5-aza-deoxy-cytidine,属于肿瘤 / 结肠癌分类,来源于 omicsdi.org。从名称可以看出,它围绕 HT29 结肠癌细胞在 5-aza-deoxy-cytidine(5-氮杂-2'-脱氧胞苷)处理下的基因表达情况展开,主题标签为 Transcriptomics,即转录组学。源站描述说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,具体信息需参考各子系列。整体而言,该数据集面向转录组层面的基因表达分析,可用于研究结肠癌细胞在药物处理条件下的表达变化,为理解药物对结肠癌细胞转录组的影响提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集聚焦于结肠癌相关研究,以 HT29 细胞为研究对象,处理条件为 5-aza-deoxy-cytidine。5-aza-deoxy-cytidine 是一种核苷类似物,在生物学研究中常与 DNA 甲基化及基因表达调控相关的研究方向联系在一起。数据集的主题标签为 Transcriptomics,表明其数据属于转录组学范畴,关注的是基因表达层面的信息。数据集在分类上归入肿瘤 / 结肠癌,说明其应用背景与结肠癌这一肿瘤类型密切相关。源站描述指出该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,具体信息需参考各子系列,因此该数据集在结构上是一个汇总性的系列集合,而非单一实验的独立记录。

【数据内容】

依据现有信息,该数据集的内容为 HT29 细胞经 5-aza-deoxy-cytidine 处理后的表达数据,属于转录组学主题。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,并提示参考各子系列获取具体信息,未提供关于样本数量、检测平台、表达矩阵格式、基因数量、分组设计等更细化的内容。因此,关于数据内容的具体构成,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述指出这是一个 SuperSeries,由下列 SubSeries 组成,具体信息需参考各子系列。除来源站与系列组织结构外,关于样本采集方式、实验处理流程、测序或芯片平台、数据处理步骤等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与研究对象,该数据集可用于转录组层面的基因表达分析,支持结肠癌细胞在药物处理下的表达变化研究。具体而言,研究者可围绕 HT29 细胞在 5-aza-deoxy-cytidine 处理条件下的表达谱,开展差异表达分析、表达模式比较等转录组学分析工作。由于该数据集为 SuperSeries 结构,使用时可结合各 SubSeries 的具体内容,针对不同子系列开展相应分析。关于更具体的适用场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 SuperSeries 形式组织,源站描述提示具体信息需参考下列各 SubSeries。因此在使用时,应先查阅各子系列的说明,了解其各自的实验设计与数据内容,再根据研究目的选择相应子系列进行分析。关于数据下载方式、文件格式、分析流程与工具等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 SuperSeries,其具体信息分散于各 SubSeries 中,源站描述明确要求参考各子系列,因此单独依据 SuperSeries 层面的描述难以获得完整的实验细节。关于数据质量评估、批次效应、样本量、重复数等质量相关信息,源站未提供。使用时需注意结合各子系列的说明判断数据是否满足具体分析需求。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-41588

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below. Refer to individual Series

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