结直肠癌CODEX细胞邻域数据集
该数据集包含结直肠癌 FFPE 组织的高维 CODEX 成像数据和细胞邻域信息，可用于肿瘤微环境分析。由The Cancer Imaging Archive提供，来自The Cancer Imaging Archive，包含医学影像数据，适用于分类任务，许可证为CC BY 4.0，专注于肿瘤领域的结肠癌研究。
基本信息
资源简介
结直肠癌CODEX细胞邻域数据集
【一句话概览】
本数据集是 TCIA 公开的影像数据集，收录 合计 2000.00 GB、35 例受试者，主题涵盖 Colorectal Cancer，可用于医学图像分割、检测与分类模型的训练与评测，CC BY 4.0 许可开放获取。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《High-dimensional imaging of colorectal carcinoma and other tumors with 50+ markers》。源站首次发布：2020/08/05。
【数据内容】
源站原始描述：We have used CODEX to image 56 proteins simultaneously in 140 tissue regions from the tumor invasive front of 35 advanced-stage colorectal cancer (CRC) patients (17 patients with Crohn''s-like reaction (CLR) - leading to high amount of tertiary lymphoid structures (TLS); and 18 patients with diffuse inflammatory infiltration (DII) and no TLS). These patients were selected from an initial cohort of 715 CRC patients. Patients with low-stage CRC (pTNM 0-2), pre-operative chemotherapy, insufficient m…
【数据结构与技术规格】
数据集 DOI：10.7937/TCIA.2020.FQN0-0326。
【主题与分类】
源站学科分类：Histopathology、CODEX images、Diagnosis、Follow-Up、Demographic。主题标签：Colorectal Cancer。
【适用方向】
影像类数据可用于医学图像分析模型（检测、分割、分类）的训练与评测，也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.cancerimagingarchive.net/collection/crc_ffpe-codex_cellneighs/
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Schürch, C. M., Bhate, S., Barlow, G., Phillips, D., Noti, L., Zlobec, I., Chu, P., Black, S., Demeter, J., McIlwain, D., Samusik, N., Goltsev, Y., & Nolan, G. (2020). High-dimensional imaging of colorectal carcinoma and other tumors with 50+ markers [Data set]. The Cancer Imaging Archive
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取（TCIA 标准方式）
方式一：NBIA 搜索
- 打开 NBIA 搜索页（免费注册 TCIA 账号）；
- 按本数据集 Collection 名称筛选（见源站页面），加入 Download Basket；
- 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。
方式二：NBIA API（程序化）
curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json
方式三：TCIA Manifest + dicomsort
在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。
数据说明
该数据集包含结直肠癌 FFPE 组织的高维 CODEX 成像数据和细胞邻域信息，可用于肿瘤微环境分析。
数据加载示例（DICOM 影像）
import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array
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