粪便RNA检测早期癌前腺瘤和结直肠癌的临床性能数据集

基于粪便RNA转录组微阵列数据,构建SVM模型实现结直肠癌及癌前腺瘤的非侵入性早期检测。

NIAID Data Ecosystem
浏览 18
基因组Expression profiling by arrayGPL175869606
Clinical Performance of a Stool RNA Assay for Early Detection of Precancerous Adenomas and Colorectal Cancer

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

粪便RNA检测早期癌前腺瘤和结直肠癌的临床性能数据集

【一句话概览】

本数据集是 NCBI 公开的组学数据集,收录 1 个文件,主题涵盖 Expression profiling by array、GPL17586、9606,可用于生物标志物发现与分子分型研究。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Clinical Performance of a Stool RNA Assay for Early Detection of Precancerous Adenomas and Colorectal Cancer》。源站首次发布:Jun 01 201。

【数据内容】

源站原始描述:Background and Aims: RNA biomarkers derived from sloughed enterocytes would provide an ideal, non-invasive method for early detection of colorectal cancer (CRC) and precancerous adenomas. To realize this goal, a highly reliable method to isolate preserved human RNA from stool samples is needed. Here we develop a protocol to identify RNA biomarkers associated with CRC to assess the use of these biomarkers for noninvasive screening of disease

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):背景与目的:来源于脱落肠上皮细胞的RNA生物标志物将为结直肠癌(CRC)和癌前腺瘤的早期检测提供一种理想的非侵入性方法。为实现这一目标,需要一种高度可靠的方法,从粪便样本中分离出保存完好的人RNA。在此,我们开发了一种方案,用于识别与CRC相关的RNA生物标志物,以评估这些生物标志物在疾病无创筛查中的应用。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个。

【主题与分类】

主题标签:Expression profiling by array、GPL17586、9606。

【适用方向】

组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。

【获取与许可】

源站页面:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE99573

【使用注意】

· 源站最后修改于 Jul 25 202,引用时请注意版本时效。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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