支持数据:使用Flongle流动池纳米孔测序对慢性淋巴细胞白血病IGH重排进行快速克隆分型的性能评估

该数据集包含13名慢性淋巴细胞白血病患者的免疫球蛋白重链基因重排测序数据,通过纳米孔Flongle流动池和Illumina MiSeq平台生成,涉及基因测序模态,主要用于评估纳米孔技术在克隆分型中的性能,支持疾病诊断、预后监测及血液病理学工作流程优化研究。

DataONE
2025-06-26 更新
浏览 13
MedicineHealth and Life Sciences
Supporting Data for: Performance of rapid clonotyping of chronic lymphocytic leukemia using Flongle flow-cell Nanopore sequencing of IGH rearrangements

基本信息

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0.000012051 GB
创建/更新时间
2025-06-26

资源简介

支持数据:使用Flongle流动池纳米孔测序对慢性淋巴细胞白血病IGH重排进行快速克隆分型的性能评估

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Supporting Data for: Performance of rapid clonotyping of chronic lymphocytic leukemia using Flongle flow-cell Nanopore sequencing of IGH rearrangements》。

【数据内容】

源站原始描述:Background: Clonotyping of immunoglobulin heavy chain (IGH) gene rearrangements is critical for diagnosis, prognostication, and measurable residual disease (MRD) monitoring in chronic lymphocytic leukemia (CLL). While short-read next-generation sequencing (NGS) platforms like Illumina MiSeq are widely used, they face challenges in spanning full VDJ rearrangements. Flexible sequencing via Oxford Nanopore Technologies (ONT) offers a potential alternative, especially using the compact and cost-effe…

【主题与分类】

主题标签:Medicine, Health and Life Sciences。

【获取与许可】

源站页面:https://search.dataone.org/view/sha256:f85afab2a3181b64f32f9428ab63da4fd2176c92045b78a148e6e57150bf2d2a

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集是一项关于慢性淋巴细胞白血病(CLL)克隆分型方法评估的研究数据。数据集包含13名CLL患者的免疫球蛋白重链(IGH)基因重排测序数据,通过使用牛津纳米孔技术(ONT)的MinION平台结合Flongle流动池进行测序,并与基于Illumina MiSeq的LymphoTrack检测结果进行比较。数据内容包括IGH FR1扩增子测序原始数据、克隆型识别结果、克隆负荷估计以及体细胞超突变状态分析。数据来源于临床样本,采用Smith-Waterman比对和IgBlast工具进行分析。该数据集主要用于评估纳米孔Flongle测序在CLL的IGH克隆分型中的准确性、速度和成本效益,支持其在血液病理学常规和去中心化工作流程中的应用研究。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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