H.sapiens - 细胞系,SC(Lyetal.,elife2014)

该数据集来源于 omicsdi.org,属于肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病方向,涉及人类细胞系。可用于蛋白质组学相关分析,例如基于丰度与一致性评分开展定量比较或相互作用可信度评估,具体应用需结合原始实验设计(来源 omicsdi.org)

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蛋白质回归Proteomics
H.sapiens - Cell line, SC (Lyetal.,elife2014)

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

H.sapiens - 细胞系,SC(Lyetal.,elife2014)

H.sapiens - Cell line, SC (Lyetal.,elife2014) 是一个面向人类细胞系的蛋白质组学数据集,归属于肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病方向,收录于 omicsdi.org。该数据集以谱计数(Spectral counting)为基础进行丰度评估,并给出了相互作用一致性评分 24.4 与覆盖度 42 两项指标。从主题标签看,其核心内容围绕蛋白质组学展开,可用于基于丰度与一致性评分的定量比较或相互作用可信度评估。整体而言,该数据集为慢性淋巴细胞白血病相关细胞系的蛋白质组研究提供了一个可参考的数据资源,具体应用需结合原始实验设计加以判断。

【数据集背景】

该数据集来源于 omicsdi.org,属于肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病研究方向,涉及人类细胞系。其英文名称为 H.sapiens - Cell line, SC (Lyetal.,elife2014),主题标签为 Proteomics。从命名与分类来看,该数据集聚焦于人类细胞系的蛋白质组学层面,并与慢性淋巴细胞白血病这一肿瘤类型相关联。慢性淋巴细胞白血病是一种涉及淋巴细胞异常增殖的血液系统肿瘤,针对其细胞系开展蛋白质组学分析,有助于在蛋白质层面观察丰度变化与相互作用特征。该数据集以谱计数作为丰度基础,并附带相互作用一致性评分与覆盖度指标,为后续分析提供了可量化的参考维度。关于该数据集更具体的实验背景、样本来源及研究目的,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心内容为基于谱计数的蛋白质丰度信息。谱计数是一种通过质谱鉴定肽段数量来反映蛋白质相对丰度的策略,适用于蛋白质组学中的定量比较。除丰度信息外,该数据集还包含相互作用一致性评分 24.4 与覆盖度 42 两项指标。相互作用一致性评分可用于评估蛋白质相互作用数据的可信程度或重复一致性,覆盖度则反映所观测到的蛋白质或相互作用在整体中的覆盖比例。主题标签为 Proteomics,表明其内容属于蛋白质组学范畴。数据集涉及人类细胞系,并与慢性淋巴细胞白血病方向相关。关于具体包含多少样本、多少蛋白质、多少相互作用,以及数据的组织格式与文件结构,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。其英文名称中标注了 “Cell line, SC” 以及 “Lyetal.,elife2014”,提示该数据可能与特定细胞系及 2014 年发表于 eLife 的研究相关。数据集归属于肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病方向,涉及人类细胞系。关于具体的样本采集流程、细胞系来源、质谱平台、实验条件、数据处理软件及参数设置,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于蛋白质组学相关分析。基于谱计数的丰度信息,可开展蛋白质层面的定量比较;结合相互作用一致性评分 24.4,可用于评估相互作用数据的可信度或一致性;覆盖度 42 则可作为衡量观测覆盖范围的参考。由于数据集与慢性淋巴细胞白血病及人类细胞系相关,其潜在应用场景包括肿瘤蛋白质组学的比较分析、相互作用网络的可信度筛选等。具体应用需结合原始实验设计加以判断。关于该数据集是否适用于其他疾病方向或非人类样本,源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时,可围绕谱计数丰度、相互作用一致性评分与覆盖度三项核心信息展开分析。例如,可基于谱计数进行蛋白质丰度的相对比较,利用一致性评分对相互作用结果进行筛选或加权,并参考覆盖度评估数据的观测范围。由于该数据集来源于 omicsdi.org,使用者可通过该来源站获取相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、预处理步骤、分析工具及参数建议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集提供了相互作用一致性评分 24.4 与覆盖度 42,可作为评估数据可信度与覆盖范围的参考指标。谱计数作为一种半定量策略,其丰度估计受鉴定肽段数量影响,通常需要结合实验设计与统计方法加以解读。该数据集归属于肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病方向,涉及人类细胞系,其结论外推至其他疾病或样本类型时需谨慎。关于该数据集的具体质量评估报告、批次效应、缺失值情况、重复性验证及潜在偏差,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的英文名称中包含 “Lyetal.,elife2014”,提示其可能与 2014 年 eLife 上发表的一项研究相关。来源站为 omicsdi.org。关于该数据集的具体引用格式、作者列表、发表期刊信息、许可协议及使用条款,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/paxdb/127272810

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

abundance based on Spectral counting, Interaction consistency score: 24.4, Coverage: 42

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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