表观基因组学样本数据集

该数据集来自 omicsdi.org,收录了慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者外周血样本的 RNA-seq 数据,属于肿瘤与基因组学领域

omicsdi
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基因组分类Genomics
ena-DATASET-DKFZ-Epigenomics-19-11-2015-09:37:32:058-207 - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

表观基因组学样本数据集

ena-DATASET-DKFZ-Epigenomics-19-11-2015-09:37:32:058-207 - samples 是一个收录于 omicsdi.org 的肿瘤与基因组学数据集,其分类归属为肿瘤领域下的慢性淋巴细胞白血病方向。该数据集的核心内容为慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者外周血样本的 RNA-seq 数据,主题标签为 Genomics。从整体定位来看,它面向的是血液系统恶性肿瘤的转录组研究场景,能够为关注 CLL 分子机制、基因表达特征以及外周血样本转录活动的分析者提供数据基础。数据集的命名中包含样本(samples)标识,表明其组织形态以样本集合的形式呈现,便于研究者按样本粒度进行检索、下载与后续分析。以下将从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面展开说明。

【数据集背景】

慢性淋巴细胞白血病是一种以成熟 B 淋巴细胞在外周血、骨髓及淋巴组织中克隆性增殖为特征的血液系统恶性肿瘤。在肿瘤基因组学与转录组学研究中,外周血样本因其获取相对便利、能够反映循环肿瘤细胞及微环境相关转录活动,常被用于探索疾病相关的基因表达变化。该数据集正是在这一研究背景下产生,归属于肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病这一分类,主题标签为 Genomics,说明其设计意图与基因组学层面的表达分析密切相关。源站描述明确指出其内容为来自 CLL 患者外周血样本的 RNA-seq,这为理解该数据集在 CLL 转录组研究中的定位提供了直接依据。

【数据内容】

该数据集的内容为慢性淋巴细胞白血病患者外周血样本的 RNA-seq 数据。RNA-seq 即 RNA 测序,用于捕获样本中 RNA 的序列信息,通常可用于评估基因表达水平、转录本结构以及可变剪接等转录组特征。数据集的名称中包含“samples”字样,表明其以样本集合的形式组织。除上述信息外,关于样本数量、测序平台、读长、测序深度、具体基因或转录本层面的结果指标等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站对其的描述为“RNA-seq of peripheral blood samples from CLL patients.”,即来自 CLL 患者外周血样本的 RNA-seq。数据集的英文名称中包含 DKFZ、Epigenomics 以及日期时间标识(19-11-2015-09:37:32:058-207),这些命名元素的具体含义、所属项目背景及采集流程细节,源站未提供。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、患者临床特征等,源站未提供。

【适用场景】

基于其肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病分类与 Genomics 主题标签,该数据集适用于与 CLL 相关的转录组研究场景,例如外周血样本中基因表达特征的探索、CLL 相关转录活动的分析,以及与其他 CLL 或血液肿瘤数据集的比较研究等。由于数据内容为 RNA-seq,其潜在用途还涉及转录本水平的相关分析。需要说明的是,以上适用场景是基于数据集所属领域与数据类型的一般性推断,具体研究问题是否适配,仍需结合源站提供的原始描述与数据本身进行判断。关于该数据集是否已被用于特定研究或发表成果,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以样本集合的形式提供,使用者可通过 omicsdi.org 这一来源站进行检索与获取。关于具体的下载方式、文件格式、数据组织目录结构、是否需要注册或申请权限、配套的元数据文件与使用文档等,源站未提供。因此,实际使用时的操作流程与技术要求需以源站页面所载信息为准。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为 Genomics,分类为肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病,源站描述确认其为 CLL 患者外周血样本的 RNA-seq。关于数据质量评估指标、样本量大小、是否存在批次效应、数据完整性、测序质量参数、是否经过标准化处理等,源站未提供。使用者在将其用于分析前,应自行依据源站可得信息评估其适用性与局限性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、推荐引用文献、许可协议、使用条款以及是否允许再分发或商业使用等信息,源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时,应以 omicsdi.org 来源站所载的相应说明为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001001675

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA-seq of peripheral blood samples from CLL patients.

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