慢性淋巴细胞白血病 H3K27ac ChIP-Seq 样本集
H3K27ac 是调控元件激活的可靠组蛋白修饰标志，样本通过 Illumina HiSeq 2500 测序。数据可用于研究 CLL 中调控元件激活状态、表观遗传特征及不同 stereotyped subset 之间的差异，为肿瘤表观基因组分析提供基础（来源 omicsdi.org）
基本信息
资源简介
慢性淋巴细胞白血病 H3K27ac ChIP-Seq 样本集
该数据集围绕慢性淋巴细胞白血病（CLL）的表观遗传特征展开，采用染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）技术，针对调控元件激活的可靠组蛋白修饰标志 H3K27ac 进行检测。样本来源于分选后的 CLL 细胞，涵盖 15 例 CLL 病例，其中包括 stereotyped subset #1、#2、#4 和 #8 等亚型。测序平台为 Illumina HiSeq 2500。数据集归属于肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病分类，主题标签为 Genomics，来源站为 omicsdi.org。整体而言，该数据集提供了 CLL 中 H3K27ac 修饰的基因组定位信息，可用于探索调控元件激活状态、表观遗传特征以及不同 stereotyped subset 之间的差异，为肿瘤表观基因组分析提供基础数据支持。
【数据集背景】
慢性淋巴细胞白血病是一种具有显著临床和分子异质性的 B 细胞恶性肿瘤。近年来，表观遗传调控在肿瘤发生发展中的作用受到广泛关注。H3K27ac 作为组蛋白 H3 第 27 位赖氨酸乙酰化修饰，被公认为调控元件激活的可靠标志，能够反映增强子和启动子的活跃状态。该数据集正是基于这一背景，利用 ChIP-Seq 技术对 CLL 细胞中的 H3K27ac 进行全基因组 profiling，旨在揭示 CLL 中调控元件的激活格局。特别地，数据集纳入了 stereotyped subset #1、#2、#4 和 #8 的病例，这些亚型在 CLL 中具有不同的生物学特征和临床意义，因此该数据有助于从表观遗传层面理解不同亚型之间的差异。源站未提供更详细的研究背景或具体科学假设。
【数据内容】
该数据集的核心内容是针对 H3K27ac 的 ChIP-Seq 测序数据。实验对象为分选后的 CLL 细胞，来自 15 例 CLL 病例，其中包括 stereotyped subset #1、#2、#4 和 #8 的样本。H3K27ac 作为调控元件激活的 bona fide 组蛋白修饰标志，其 ChIP-Seq 信号可用来推断基因组中活跃的调控区域。测序由 Illumina HiSeq 2500 完成。数据集主题标签为 Genomics，本站分类为肿瘤 / 慢性淋巴细胞白血病。源站未提供具体的测序深度、读长、比对率、峰值数量等详细数据指标，也未提供样本的临床信息、分选策略细节或数据文件的具体格式与大小。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。根据源站描述，实验流程为：使用 H3K27ac 抗体对分选后的 CLL 细胞进行染色质免疫共沉淀，随后进行测序（ChIP-Seq）。样本来自 15 例 CLL 病例，涵盖 stereotyped subset #1、#2、#4 和 #8。测序平台为 Illumina HiSeq 2500。源站未提供样本采集地点、时间、伦理审批信息、患者知情同意情况以及具体的抗体来源、 catalog 编号等实验细节。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究场景：研究 CLL 中调控元件激活状态，通过 H3K27ac 信号识别活跃的增强子和启动子；分析 CLL 的表观遗传特征，探索组蛋白乙酰化修饰在疾病中的分布模式；比较不同 stereotyped subset（#1、#2、#4、#8）之间的表观遗传差异，寻找亚型特异性的调控元件；为肿瘤表观基因组分析提供基础数据，例如作为参考数据集用于整合分析或方法学验证。此外，也可用于 CLL 相关调控网络推断、表观遗传标志与基因表达关联研究等。源站未提供具体的分析工具推荐或已验证的下游应用案例。
【使用方法】
该数据集可通过 omicsdi.org 获取。用户可根据源站提供的链接或访问方式下载 ChIP-Seq 数据。典型使用流程包括：对原始测序读段进行质量控制、比对到参考基因组、识别 H3K27ac 富集区域（peak calling）、进行峰注释和可视化，以及比较不同样本或亚型之间的差异富集区域。由于源站未提供具体的数据格式、预处理步骤或推荐参数，用户需根据自身分析需求选择适当的生物信息学工具和流程。源站未提供数据下载的具体文件列表、大小或访问限制说明。
【质量与限制】
该数据集使用 Illumina HiSeq 2500 测序，平台具有较高的通量和数据质量。H3K27ac 作为调控元件激活的可靠标志，其 ChIP-Seq 数据在技术上具有较好的特异性。然而，源站未提供关于数据质量的具体指标，如测序深度、比对率、重复性、峰值信噪比等。样本量方面，15 例 CLL 病例对于表观遗传异质性研究可能有限，尤其是细分到 stereotyped subset 后，每个亚型的病例数可能较少。此外，源站未提供临床注释、年龄、性别、治疗状态等信息，可能限制数据的临床相关性分析。数据仅针对 H3K27ac 一个标记，无法全面反映其他组蛋白修饰或染色质状态。源站未提供数据质量控制报告或已知的技术偏差说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用文献、贡献者名单、许可协议或使用条款。用户在使用时应自行确认数据来源的版权和许可要求。源站未提供 DOI 或其他持久标识符。建议用户直接访问 omicsdi.org 获取最新信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001009082
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们对分选出的15例慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的CLL细胞，使用针对H3K27ac（一种确证的调节元件激活组蛋白标记）的抗体进行了染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），其中包括来自定型亚群#1、#2、#4和#8的病例。样本通过Illumina HiSeq 2500进行测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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