胆管癌Visium空间转录组数据集
该数据集来自 omicsdi.org，包含对 4 例胆管癌（CCA）样本进行的 10X Genomics Visium 空间转录组测序数据
基本信息
资源简介
胆管癌Visium空间转录组数据集
该数据集收录于 omicsdi.org，分类归属为肿瘤 / 胆管癌，主题标签为 Genomics。其核心内容是对 4 例胆管癌（CCA）样本开展的 10X Genomics Visium 空间转录组测序。Visium 技术能够在保留组织空间位置信息的前提下获取转录组数据，因此该数据集可用于在空间维度上观察胆管癌组织的基因表达分布。数据集名称中包含“samples”字样，提示其以样本层面的数据形式组织。对于希望了解胆管癌空间转录组特征、开展空间表达分析或进行方法学验证的研究者，该数据集提供了一个以 4 例 CCA 样本为基础的公开数据来源。需要注意的是，组织学图像需联系作者获取，源站未提供图像随数据一并下载的说明。
【数据集背景】
该数据集来自 omicsdi.org，本站分类为肿瘤 / 胆管癌，主题标签为 Genomics。胆管癌（CCA）是来源于胆管上皮的恶性肿瘤，空间转录组学为研究其组织内不同区域、不同细胞群落的基因表达异质性提供了手段。该数据集采用 10X Genomics 的 Visium 空间转录组平台，对 4 例 CCA 样本进行测序，属于肿瘤空间转录组研究范畴。源站未提供该数据集所依托的具体研究项目背景、发表文献或研究目的等进一步信息。
【数据内容】
数据集包含对 4 例胆管癌（CCA）样本进行的 10X Genomics Visium 空间转录组测序数据。每个样本具有两次配对末端测序运行：第一次运行（I1 与 I2）为一对读取索引（index）的读段；第二次运行（R1 与 R2）为一对读取插入片段（insert）的读段，其中 R1 还额外读取 10X 条形码（barcode）。这一结构符合 10X Genomics 空间转录组测序的典型读段组织方式，即索引读段用于区分样本或文库，插入读段用于获取转录本序列，条形码读段用于将测序读段归属到特定的空间捕获点。源站未提供样本的具体临床信息、组织类型细分、测序深度、读长、捕获点数量或基因表达矩阵等细节。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。测序平台为 10X Genomics Visium 空间转录组技术。样本数量为 4 例 CCA 样本。每个样本的测序运行方式为两次配对末端运行，分别读取索引和插入片段，其中 R1 同时读取 10X 条形码。关于组织学图像，源站说明需联系作者获取。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、样本处理与切片制备流程、建库方法细节以及测序仪器型号等信息。
【适用场景】
该数据集适用于胆管癌空间转录组相关分析，例如在组织切片空间背景下考察基因表达分布、识别不同空间区域的表达特征、开展空间表达模式的可视化与比较等。由于包含 4 例 CCA 样本，也可用于样本间空间表达特征的对比分析。主题标签为 Genomics，表明其适用于基因组学与转录组学范畴的研究。源站未提供该数据集在特定分析流程、特定疾病亚型或特定细胞类型研究中的适用性说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可依据其测序运行结构处理读段：第一次运行（I1 与 I2）为索引读段，用于样本或文库区分；第二次运行（R1 与 R2）为插入读段，其中 R1 还包含 10X 条形码信息，可用于将读段映射到空间捕获点。组织学图像需联系作者获取，源站未提供图像的直接下载途径。源站未提供具体的预处理流程、参考基因组版本、比对工具、条形码白名单、表达矩阵生成方法或数据分析软件建议。
【质量与限制】
该数据集仅包含 4 例 CCA 样本，样本量有限。源站未提供测序质量指标、读段数量、比对率、捕获点有效率、数据覆盖度或批次信息等质量相关参数。组织学图像需联系作者获取，可能影响需要图像与表达数据联合分析的使用场景。源站未提供数据质量控制标准、过滤方法或已知技术偏差的说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、发表文献、DOI、许可协议或使用条款等信息。如需引用或使用，应参考 omicsdi.org 上该数据集的原始页面说明，或联系数据作者获取进一步信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001011997
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对4个CCA样本进行了Visium空间转录组学（10X Genomics）检测。每个样本包含两次配对末端测序运行：第一次（I1与I2）为读取索引的配对；第二次（R1与R2）为读取插入片段的配对，其中R1还额外读取10X条形码。关于组织学图像，请联系作者获取。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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