基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

[Bacillus] enclensis 菌株3-10分离株B3-10基因组测序

PRJNA1536353 对应的是 NCBI BioProject 数据库中编号为 1536353 的项目记录，其标题为“[Bacillus] enclensis strain:3-10 | isolate:B3-10 Genome sequencing”。该项目围绕菌株 3-10（分离株编号 B3-10）的基因组测序展开，主题标签为“Genome sequencing”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录形式，用于汇集由单一机构或联盟发起的某一项研究计划所产生的各类生物学数据，并为用户提供统一入口，以便查找该项目下不同数据类型之间的链接。本站将该数据集归类于“肿瘤 / 宫颈癌”分类之下，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 记录的设计目的，是将与同一项研究计划相关的生物数据集中呈现，这些计划通常由单一机构或联盟发起。通过一个 BioProject 编号，用户可以定位到该项目所生成的多种数据类型，而不必在多个分散的数据库之间逐一检索。本项目的标题表明其研究对象为 [Bacillus] enclensis 的菌株 3-10，分离株编号为 B3-10，研究内容为基因组测序。项目编号为 1536353。

【数据内容】

依据源站描述，BioProject 记录本身并不直接承载全部原始数据，而是提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接集合。本项目的主题标签为“Genome sequencing”，说明其核心数据类型与基因组测序相关。数据集围绕菌株 3-10（B3-10）的基因组测序展开。除上述信息外，关于测序平台、读长、组装水平、注释信息、样本具体表型等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI 官方网站。项目由单一机构或联盟发起，这是 BioProject 记录的通用组织方式。该项目的具体提交机构、样本采集地点、采集时间、分离来源环境等信息，源站未提供。本站将该数据集归入“肿瘤 / 宫颈癌”分类，但该分类与项目标题所描述的菌株基因组测序之间的关系，源站未提供进一步说明。

【适用场景】

该数据集适用于需要获取 [Bacillus] enclensis 菌株 3-10（B3-10）基因组测序项目相关数据链接的用户。由于 BioProject 记录的作用是汇集同一项目下的多种数据类型，使用者可以借此定位该项目产生的各类数据资源。对于从事微生物基因组学、细菌分类学或相关比较基因组研究的用户，此类项目记录可作为数据检索的起点。此外，由于本站将其归类于“肿瘤 / 宫颈癌”，对该分类下数据感兴趣的用户也可能通过该条目进行检索。具体适用场景的更多说明，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 1536353 或标题中的菌株信息进行检索，进入该项目的记录页面。在记录页面中，用户可以找到指向该项目所生成的不同数据类型的链接，从而按需访问相应的数据资源。BioProject 记录本身提供的是统一入口，而非全部数据的直接下载。关于具体的数据下载方式、文件格式、访问权限等，源站未提供。

【质量与限制】

BioProject 记录由提交机构或联盟提供，其内容组织遵循 NCBI 的通用框架。本项目记录所包含的具体数据质量指标、测序深度、组装完整性、污染评估等信息，源站未提供。此外，本站将其归类为“肿瘤 / 宫颈癌”，而项目标题描述的是细菌基因组测序，两者之间的一致性说明，源站未提供。使用者在使用时应以 NCBI 源站记录为准，并注意核对项目所链接数据的实际内容。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA1536353。关于该项目的具体引用方式、许可条款、数据使用限制等信息，源站未提供。使用者如需引用或使用该项目数据，应查阅 NCBI 源站记录页面以获取相关说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1536353

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1536353

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对从泰国红树林沉积物中分离出的Bacillus enclensis菌株3-10进行全基因组测序。该细菌能产生对宫颈癌细胞具有细胞毒性活性的胞内次级代谢产物。通过对该基因组进行测序，旨在鉴定与生物活性化合物产生相关的生物合成基因簇。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别