PRJEB127456:ROCK2活细胞分选RNA-seq

该数据集为NCBI BioProject收录的PRJEB127456项目,内容为ROCK2活细胞分选后的RNA-seq数据,本站归类于肿瘤/宫颈癌方向

sra
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基因组分类Other
PRJEB127456: RNA-seq of ROCK2 live-sorted cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJEB127456:ROCK2活细胞分选RNA-seq

PRJEB127456 是一个收录于 NCBI BioProject 的生物学项目数据集,英文名称为“RNA-seq of ROCK2 live-sorted cells”。该项目围绕 ROCK2 活细胞分选后的样本开展 RNA-seq 测序,属于转录组层面的研究数据。按照本站分类,该数据集被归入肿瘤 / 宫颈癌方向,主题标签为“Other”。BioProject 作为生物数据的集合,通常用于汇集由单一机构或联合体发起的同一项研究计划所产生的多种数据类型,并为用户提供统一入口,以便查找与该项目相关的各类数据。该数据集的核心内容即 ROCK2 活细胞分选后的 RNA-seq 数据,源站标题也明确指向这一内容,项目编号为 PRJEB127456,源站内部标识为 ID 1539301。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,项目编号为 PRJEB127456。BioProject 是 NCBI 提供的一项资源,用于将同一研究计划或同一组织、联合体产生的生物学数据集中收录,使用户能够从一个记录出发,链接到该项目下不同数据类型的数据。该项目的源站标题为“RNA-seq of ROCK2 live-sorted cells (ID 1539301) - BioProject - NCBI”,表明其研究重点在于对 ROCK2 活细胞分选后的细胞进行 RNA-seq 测序。本站将其分类为肿瘤 / 宫颈癌方向,主题标签为“Other”。关于该项目具体的立项背景、研究机构、所属疾病模型的详细机制等信息,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的内容为 ROCK2 活细胞分选后的 RNA-seq 数据。RNA-seq 是一种用于检测样本中 RNA 转录本的高通量测序方法,通常可用于分析基因表达水平、转录本结构及差异表达等情况。该项目的对象是经过 ROCK2 活细胞分选处理的细胞,意味着样本在测序前经历了基于 ROCK2 的活细胞分选步骤。关于测序平台、读长、样本数量、物种来源、细胞类型、实验条件、重复数、数据量大小等具体信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 官方网站的 BioProject 数据库。源站描述指出,BioProject 记录用于汇集与单一研究计划相关的生物学数据,这些数据可能来自单一组织或联合体,并为用户提供查找该项目下多种数据类型链接的统一位置。该项目的源站标题包含“ID 1539301”,这是其在 BioProject 中的内部标识。关于样本采集地点、时间、伦理审批、受试者信息、实验操作流程等具体采集细节,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于与 ROCK2 活细胞分选后 RNA-seq 相关的转录组分析场景。由于本站将其归类于肿瘤 / 宫颈癌方向,可能适用于该方向下涉及 ROCK2 与基因表达关系的研究探索。RNA-seq 数据一般可用于差异表达分析、转录本定量、通路富集分析等常见转录组研究用途。但具体适用的疾病模型、细胞类型及实验条件需结合源站记录进一步确认。关于该数据集在肿瘤 / 宫颈癌研究中的具体应用案例或验证结论,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该项目记录,项目编号为 PRJEB127456,源站内部标识为 ID 1539301。BioProject 记录通常提供指向该项目下不同数据类型数据的链接,用户可据此查找与 ROCK2 活细胞分选 RNA-seq 相关的数据文件。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具建议等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集收录于 NCBI BioProject,属于公共数据库中的项目记录。BioProject 作为数据集合入口,其记录本身用于链接项目下的多种数据类型。关于该数据集的数据质量评估、测序深度、覆盖度、批次效应、样本量是否充分、是否存在技术偏差等具体质量指标,源站未提供。此外,该项目的主题标签为“Other”,本站分类为肿瘤 / 宫颈癌,但源站未提供该分类的具体依据或相关疾病背景的详细说明。使用者在利用该数据时,应结合源站记录及原始数据自行评估适用性与局限性。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 PRJEB127456,源站标题为“RNA-seq of ROCK2 live-sorted cells (ID 1539301) - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许再分发或商业使用等具体信息,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI 及 BioProject 的相关政策,并依据源站记录获取准确的引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB127456

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

ROCK2是一种与辐射抗性相关的蛋白质。本研究基于ROCK2表达对SiHa细胞(一种宫颈癌细胞系)进行了活细胞分选。R2High指ROCK2表达增加的细胞,R2Low指ROCK2表达减少的细胞。

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