野生型间期HeLa细胞的各向同性3D电子显微镜参考数据（jrc_hela-3）-114310

数据集获取

源站：https://doi.org/10.25378/janelia.13114244

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数据说明

该采集是CellMap 2024分割挑战赛的一部分。挑战赛DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966 挑战赛网站：https://cellmapchallenge.janelia.org/ 样本：野生型，分裂间期HeLa细胞。样本描述：理解细胞结构对于理解生物学至关重要。电子显微镜（EM）以纳米级分辨率独特地可视化细胞结构。然而，传统方法，如薄切片EM或EM断层扫描，分别仅能可视化细胞的单一薄片或相对较小的体积，存在局限性。在此，我们通过增强型聚焦离子束扫描电子显微镜（FIB-SEM）平台，在高分辨率模式下进行长达数月的长期全细胞和组织成像，克服了这些局限性。我们使用这种方法生成了4纳米各向同性体素的参考3D图像数据集。

结合后续的分割处理，我们希望创建一个参考文库，以探索对整个细胞及其所有组分的全面量化，从而解决与细胞身份、细胞形态、细胞间相互作用以及细胞内细胞器组织和结构相关的问题。HeLa细胞，即人宫颈癌细胞，是最早且最常用的细胞系，易于培养，广泛用于细胞生物学实验室，作为检验各种假说的基本模型。对这类细胞进行整体成像，可以为比较生长、遗传、环境等方面的扰动提供参考。在此，我们以整个HeLa细胞为例，展示了一个典型的三维数据集。线粒体网络清晰可辨，标准细胞器（如中心体、高尔基体和核膜）的二维横截面也清晰可见。值得注意的是，每个示例都说明了各向同性三维成像在细胞生物学中的优势。没有任何单一的二维横截面能够显示所有中心粒亚远端附属物，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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