野生型间期HeLa细胞的各向同性3D电子显微镜参考数据（jrc_hela-2）-114311

数据集获取

源站：https://doi.org/10.25378/janelia.13114211

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数据说明

本次采集是 CellMap 2024 分割挑战赛的一部分。挑战赛 DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966 挑战赛网站：https://cellmapchallenge.janelia.org/ 样本：野生型、分裂间期 HeLa 细胞 样本描述：理解细胞结构对于理解生物学至关重要。电子显微镜（EM）能够以纳米级分辨率独特地可视化细胞结构。然而，传统方法（如薄切片 EM 或 EM 断层扫描）存在局限性，因为它们分别只能可视化细胞的单个切片或相对较小的体积。在此，我们通过增强型聚焦离子束扫描电子显微镜（FIB-SEM）平台以高分辨率模式对全细胞和组织进行长期成像，采集时间长达数月，从而克服了这些局限性。我们使用这种方法生成了 4 纳米各向同性体素的参考三维图像数据集。

结合后续的分割处理，我们希望创建一个参考文库，以探索对整个细胞及其所有组成部分的全面量化，从而解决与细胞身份、细胞形态、细胞间相互作用以及细胞内细胞器组织和结构相关的问题。HeLa细胞，即人类宫颈癌细胞，是最古老且最常用的细胞系，易于培养，在细胞生物学实验室中被广泛用作测试各种假说的基本模型。对这类细胞进行整体成像，可为比较生长、遗传、环境等方面的扰动提供一个参考基准。在此，我们以整个HeLa细胞为例，展示了一个典型的三维数据集。线粒体网络清晰可辨，同时还能看到标准细胞器（如中心体、高尔基体和核膜）的二维横截面。值得注意的是，每个示例都说明了各向同性三维成像对细胞生物学的优势。没有任何单一的二维横截面能够显示出所有的中心粒亚远端附属物，

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。