野生型间期HeLa细胞各向同性三维电子显微镜参考数据（jrc_hela-1）-114315

数据集获取

源站：https://doi.org/10.25378/janelia.13123415

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数据说明

HeLa细胞，作为历史最悠久且最常使用的细胞系，源自人类宫颈癌细胞，因其易于培养而广泛用于细胞生物学实验室，作为验证各种假设的基本模型。对整个细胞进行成像，可为比较生长、遗传、环境等扰动提供一个参考基准。本文以完整的HeLa细胞为例，展示了一个典型的8纳米体素采样的三维数据集。线粒体网络清晰可见，同时还能观察到标准细胞器的二维横截面，如中心体、高尔基体和核膜。样本：野生型，处于间期的HeLa细胞。实验方案：高压冷冻，采用含2% OsO4、0.1% UA、3% H2O的丙酮溶液进行冷冻置换树脂包埋；使用Eponate 12树脂包埋。贡献者：样本由Aubrey Weigel（HHMI/Janelia）提供，Gleb Shtengel（HHMI/Janelia）准备用于成像，成像及后期处理由C完成。

Shan Xu（HHMI/Janelia）。数据集 ID：jrc_hela-1最终体素大小（nm）：8.0 x 8.0 x 8.0（X、Y、Z）尺寸（µm）：75 x 8 x 60（X、Y、Z）采集日期：2017-04-05数据集 URL：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_hela-1/jrc_hela-1.zarr/recon-1/em/可视化网站：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_hela-1出版物参考：Xu et al., 2017 (10.7554/eLife.25916), Xu et al., 2020 (10.1007/978-1-0716-0691-9_12)

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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