动态增强MRI揭示放化疗抵抗宫颈癌缺氧诱导基因表达

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-36562

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们探讨了宫颈癌中动态对比增强磁共振成像（DCE-MRI）参数ABrix的预后影响，并结合全局基因表达数据，以揭示该参数潜在的分子表型，并构建反映ABrix的基因特征。基于78例接受根治性放化疗的宫颈癌患者，我们通过基于Brix模型的DCE-MR图像药代动力学分析，确定了一个预后性的ABrix参数，其中ABrix低的肿瘤似乎最具侵袭性。对46例具有配对DCE-MRI和基因表达数据的肿瘤进行基因集富集分析显示，ABrix与缺氧基因集之间存在显著相关性，而与增殖、放射抵抗和伤口愈合相关的基因集则不显著。在细胞培养实验中创建的宫颈癌特异性缺氧基因集，包括缺氧诱导因子（HIF1M-NM-1）的靶点和未折叠蛋白反应（UPR），最为显著。在其余32例肿瘤中，通过免疫组织化学评估，低ABrix与HIF1M-NM-1蛋白表达上调相关，这与缺氧增加一致。

基于缺氧基因集，构建了一个由31个基因组成的特征标签，这些基因在ABrix低的肿瘤中表达上调。该DCE-MRI缺氧基因特征在109例患者的独立验证队列中显示出预后影响。在46例患者（DCE-MRI队列）中识别出与DCE-MRI参数ABrix相关的基因表达，并用于寻找缺氧基因特征。该基因特征的预后影响在109例患者的独立队列（验证队列）中得到验证。进行了细胞培养实验，以生成与缺氧相关的宫颈癌特异性基因列表（GSM897799 - GSM897804）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。