肉桂精油对宫颈癌细胞选择性细胞毒性与抑癌基因抑制的转录组与功能分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE311189

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在通过分析肉桂（Cinnamomum zeylanicum）精油（CEO）对基因表达调控的影响，评估其对宫颈癌细胞系（HeLa和SiHa）及永生化人角质形成细胞系（HaCaT）的作用。总RNA测序由诺禾致源生物信息科技有限公司（中国北京）使用Illumina NovaSeq 6000平台完成，每种细胞模型设四个独立重复。生物信息学分析使用R（v4.3.1）、RStudio（v2023.09.1+494）及开源Galaxy平台（https://usegalaxy.org；访问日期：2025年2月5日）进行。使用FastQC（v0.74+galaxy0）进行质量控制。随后，使用Rsubread软件包（v2.14.2）对reads进行处理、修剪，并比对至人类参考基因组（GRCh38.p14 v46）。所得BAM文件用于FeatureCounts（v2.0.3）的reads计数。差异表达分析使用R的DESeq2软件包（v1.42.0）完成。基因表达的归一化采用DESeq2的中位数比率法（基因计数相对于每个基因几何均值的中位数比率）。

调整后p值≤0.05且|Log2FC|≥2的基因被视为差异表达基因（DEGs）。转录组分析显示，参与细胞应激反应、DNA损伤修复和蛋白质合成的基因显著上调。DEGs富集于凋亡、细胞周期调控和p53信号通路。此外，CEO处理导致与氧化磷酸化和细胞周期进程相关的基因受到抑制，其中HeLa细胞表现出最高的敏感性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。