GSE306495：VAMP8表达升高通过HIF-1通路增强自噬促进宫颈癌进展

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306495

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数据说明

背景：宫颈癌在低收入和中等收入国家较为常见，主要由高危型HPV16引起。囊泡相关膜蛋白8（VAMP8）参与囊泡运输和自噬，可能影响HPV16相关宫颈癌的进展。方法：采用蛋白质组学、qPCR和免疫组化方法，评估HPV16阳性病变患者（包括低级别和高级别鳞状上皮内病变及癌症）和HPV阴性正常对照者宫颈组织标本中VAMP8的表达。利用一组宫颈癌患者的免疫组化数据，建立用于预后评估的Cox比例风险模型。利用癌症基因组图谱-宫颈癌（TCGA-CESC）队列的RNA-seq和临床数据，进一步评估VAMP8的临床意义。在体外，使用HPV16 E6/E7永生化宫颈上皮细胞（Ect1/E6E7）和宫颈癌细胞系（SiHa、HeLa、C-33A），并在体内使用SiHa异种移植模型，检测VAMP8对自噬和肿瘤进展的影响。通过对Ect1/E6E7和SiHa细胞进行转录组分析，鉴定VAMP8调控的通路。

在SiHa细胞中进行染色质免疫沉淀（ChIP）和双荧光素酶报告基因实验，以确认对HIF-1通路的调控。结果：VAMP8在HPV16阳性样本中上调，尤其是在低级别鳞状上皮内病变（LSIL）中。VAMP8升高与较差的生存结局和晚期肿瘤分期相关。VAMP8增强了HPV16阳性宫颈细胞中的自噬并降低了增殖和侵袭性，但在已建立的癌细胞系中则增加。在体内，VAMP8过表达促进了肿瘤生长和自噬。HIF-1通路成为VAMP8的关键调控轴，增强缺氧反应和血管生成。结论：HPV16相关宫颈癌中VAMP8升高通过HIF-1通路增强自噬，从而促进肿瘤进展，提示其作为诊断标志物的潜力

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。