GSE289927：miR-23b-3b+miR-218-5p+miR-124-3p过表达差异性改变C-33A和CaSki细胞转录组及宫颈癌进展相关细胞过程调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289927

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤抑制性miRNA（tsmiRs）的失调与癌症的肿瘤进展相关。miR-23b-3p、miR-218-5p和miR-124-3p是宫颈癌（CC）中的tsmiRs，调控参与转移相关生物学过程的基因的翻译。目的：分析过表达miR-23b-3b+miR-218-5p+miR-124-3p的宫颈癌细胞系（C-33A HPV阴性及CaSki HPV阳性）的转录组变化，以鉴定所有三种miRNA共有的特异性靶转录本，以及与肿瘤进展相关的信号通路和细胞过程。方法：采用RNA-seq分析转染miR-23b-3b+miR-218-5p+miR-124-3p的C-33A和CaSki细胞的转录组。对差异表达基因（DEGs）在DAVID平台上进行基因本体论分析。在GEPIA 2.0、Kaplan-Meier plotter和STRING平台上分析下调基因的功能。在TargetScanHuman平台上确定哪些转录本的3’UTR区域含有miR-23b-3p、miR-218-5p和/或miR-124-3p的MREs。结果：

miR-218-5p、miR-124-3p和miR-23b-3p的同时过表达诱导了C-33A和CaSki细胞中全局基因表达的改变。在C-33A细胞中，差异表达基因包括45个上调转录本和172个下调转录本；在CaSki细胞中，125个转录本上调，84个下调。下调的转录本富集于增殖、迁移、凋亡和血管生成；其中20个基因与宫颈癌女性的总生存期（OS）相关，且这20个mRNA中有18个具有一个、两个或全部三个miRNA的MREs。结论：miR-23b-3b+miR-218-5p+miR-124-3p差异性地改变C-33A和CaSki细胞中的全局基因表达。结果表明，这些miRNA协同作用，并通过两个或全部三个miRNA的单独及共同靶点调控宫颈癌进展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。