北美乔柏精油对宫颈癌细胞分子机制与治疗潜力研究数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268607

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本分析旨在通过考察北美乔柏（Thuja plicata）精油（AEO）对基因表达调控的影响，在源自宫颈癌的细胞系（即HeLa和SiHa）体外模型中评估其作用。所用工作细胞系为HeLa和SiHa。总RNA测序由北京诺禾致源生物信息技术有限公司（Novogene Bioinformatics Technology Co., Ltd, Beijing, China）在Illumina NovaSeq 6000平台上完成，每种细胞模型设有两个独立重复测序。方法：生物信息学流程分析按如下方式执行：使用R（版本4.3.1）、RStudio（版本2023.09.1 +494）和Galaxy（https://www.usegalaxy.org，于2024年2月2日访问）开源平台分析Illumina原始数据。通过FastQC工具（v0.74+galaxy0）进行质量检查。随后，所有reads由Rsubread软件包（v2.14.2）处理；此时，reads经过修剪并比对至人类基因组参考序列（GRCh38.p14 v44）。

获得的输出为BAM文件，其中reads数量由FeatureCounts工具（v2.0.3）进行计数；在最后一步，差异表达分析由R语言的DESeq2包（版本1.42.0）完成。差异基因表达量采用DESeq2的中位数比值法（基因计数相对于每个基因几何均值的中位数比值）进行归一化。所有调整后p值（p-adj）小于或等于0.05且倍数变化（Log2FC）大于等于2或小于等于-2的基因被筛选为差异表达基因（DEGs）。结论：我们的研究发现，AEO在两种细胞系中均调控与细胞周期调控、细胞生长、分化和细胞死亡相关的基因，主要通过下调作用实现；然而，其效应在每种细胞系中似乎由不同的通路介导。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。