DPF2读取组蛋白乳酸化驱动转录与肿瘤发生 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE267107

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

赖氨酸乳酰化（Kla）是一种新型组蛋白修饰，参与转录等多种功能过程的调控。然而，该组蛋白修饰在癌症中的作用仍未被探索，部分原因在于对其阅读蛋白的认识不足。在此，我们观察到宫颈癌（CC）细胞发生代谢重编程，乳酸积累从而增强组蛋白乳酰化，尤其是H3K14la。利用多价光亲和探针结合定量蛋白质组学方法，我们鉴定出DPF2为H3K14la的候选靶标。生化研究及CUT&Tag分析揭示，DPF2能够结合H3K14la，并与其在致癌基因启动子上共定位。值得注意的是，通过结构指导的突变破坏DPF2与组蛋白乳酰化之间的关联，可削弱这些癌症相关基因的表达以及细胞存活。总之，我们的发现揭示DPF2是H3K14la的真正效应蛋白，将组蛋白乳酰化与基因转录和细胞存活偶联起来，为组蛋白Kla如何参与转录和肿瘤发生提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。