MDK表达宫颈癌细胞(MS751)条件培养基对人LEC的影响
该数据集来自NCBI GEO,研究MDK在宫颈癌细胞(MS751)中功能获得后,其条件培养基处理人淋巴内皮细胞(HLEC)所引发的基因表达变化

基本信息
资源简介
MDK表达宫颈癌细胞(MS751)条件培养基对人LEC的影响
该数据集来源于 NCBI GEO,英文名称为 GSE263143,标题为“Effect of MDK expressing Cervical Cancer cells(MS751) conditioned media in Human LEC”,中文可理解为研究 MDK 在宫颈癌细胞(MS751)中功能获得后,其条件培养基处理人淋巴内皮细胞(HLEC)所引发的基因表达变化。数据集归属于肿瘤/宫颈癌分类,采用高通量测序进行表达谱分析,物种为人(9606),平台编号为 GPL24676。数据集共包含 1 个文件,样例文件名为 GSE263143_series_matrix.txt.gz,由作者 Fei,He 发布,发布时间为 Apr 03 202。整体来看,该数据集围绕肿瘤细胞分泌因子对淋巴内皮细胞转录组的影响展开,适合用于宫颈癌微环境与淋巴管生成相关研究背景下的表达谱分析。
【数据集背景】
该数据集关注的核心问题是 MDK 在宫颈癌细胞中的作用及其对淋巴内皮细胞的间接影响。源站描述指出,该研究针对人宫颈癌细胞(MS751)中 MDK 功能获得(gain of function)后所产生的情况,利用这些细胞的条件培养基处理人淋巴内皮细胞(HLEC),并进行基因表达分析。这一设计将肿瘤细胞自身的分子改变与肿瘤微环境中内皮细胞的转录响应联系起来,属于肿瘤细胞与微环境细胞互作研究范畴。数据集分类为肿瘤/宫颈癌,主题标签包含 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 与 9606,说明其检测手段为高通量测序表达谱分析,物种为人。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE263143_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵文件。源站描述表明数据内容为 HLEC 在接受 MDK 功能获得的人宫颈癌细胞(MS751)条件培养基处理后的基因表达分析结果。主题标签中的 Expression profiling by high throughput sequencing 表明数据来自高通量测序的表达谱检测,GPL24676 为对应的平台编号,9606 对应人类。除上述信息外,样本数量、分组细节、具体基因列表与差异表达结果等源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI GEO 数据库收录的数据集。作者为 Fei,He,发布时间为 Apr 03 202。数据集标题与源站标题一致,均为“Effect of MDK expressing Cervical Cancer cells(MS751) conditioned media in Human LEC”。实验对象涉及人宫颈癌细胞系 MS751 与人淋巴内皮细胞(HLEC),处理方式为使用 MDK 功能获得的 MS751 细胞条件培养基处理 HLEC。关于具体的培养条件、测序平台仪器型号、建库方法与测序深度等实验细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤微环境与淋巴内皮细胞互作相关的表达谱研究背景,尤其是围绕宫颈癌细胞分泌因子(如 MDK)对淋巴内皮细胞转录组影响的分析。可用于在高通量测序表达谱层面考察条件培养基处理后的基因表达变化模式,也可作为宫颈癌相关肿瘤–内皮细胞通讯研究的参考数据。由于数据集分类为肿瘤/宫颈癌,亦可服务于宫颈癌基础研究中的表达谱数据整合与比较分析。具体到某一分析用途是否适用,仍需结合源站未提供的样本设计与分组信息自行判断。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE263143_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。由于该文件为系列矩阵文件,通常包含表达值矩阵与样本注释信息,读取后应检查行列表头、样本标识与基因标识的对应关系。关于是否需要额外下载平台注释文件、是否存在原始测序数据等,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件,文件样例为 GSE263143_series_matrix.txt.gz,未提供原始测序数据或其他辅助文件的说明。样本数量、重复设置、批次信息、质控指标与归一化方法等源站未提供,因此在未获得这些信息前,不宜对数据质量与统计效力作出判断。此外,数据集仅涉及 MDK 功能获得条件下 MS751 条件培养基处理 HLEC 的表达谱,结论外推到其他细胞类型或其他处理条件时需谨慎。
【引用与许可】
数据集作者为 Fei,He,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,发布时间为 Apr 03 202。关于该数据集的引用格式、使用许可与再分发条款,源站未提供。使用者在引用或再利用前应查阅源站页面获取正式引用信息与许可说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE263143
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在接受MDK功能获得性处理的人宫颈癌细胞(MS751)中,对HLECs进行的基因表达分析。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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