BRN3A表达改变对HPV诱导宫颈癌相关基因表达的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255288

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数据说明

宫颈癌是全球女性中第四大常见癌症。这主要源于高危型人乳头瘤病毒（HPV）的感染，尽管在晚期阶段还需要宿主细胞因子的支持。BRN3A便是这样一种宿主细胞因子，它能上调致瘤性高危型HPV的表达。在宫颈癌中，BRN3A的表达水平持续偏高，从而增强致瘤性。BRN3A对HPV介导的宫颈癌的作用及其潜在机制仍不清楚。因此，我们研究了BRN3A对与癌症相关不同生物学过程相关基因的总体影响。在方法上，我们通过过表达和敲低改变了宫颈癌细胞中BRN3A的表达，随后通过下一代RNA测序进行了转录组分析。该研究揭示了与促癌生物学过程相关的多个基因表达发生了显著变化，这些过程包括病毒过程、免疫应答、细胞死亡、细胞增殖以及不同的信号通路等。

此外，通过计算机模拟模式进行的启动子分析显示，共有32.7%的基因在其启动子区域拥有BRN3A结合位点。BRN3A与IFITM1、OAS3、ISG15、BCL2L1及HSP90AB1基因的物理相互作用也得到了证实。因此，本研究确定了BRN3A的分子靶点，并为宫颈癌的发病机制提供了新的见解。据我们所知，这是关于BRN3A过表达和敲低后对真核生物转录组影响的首份报告。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。