RNA向核斑定位的动态与剪接效率的关联 [ARTR-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255206

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

核斑是高等真核细胞中的一种无膜核细胞器，在基因表达调控中发挥重要作用。我们采用基于逆转录的RBP结合位点测序（ARTR-seq）方法，研究与人核斑相关的转录本。我们鉴定出三个基因群，其转录本表现出不同的核斑定位特性和动态特征——在转录后稳定富集于核斑、在共转录过程中于前体mRNA阶段短暂富集于核斑，以及不在核斑中富集。我们证明核斑特异性促进核斑富集转录本的剪接。我们进一步揭示了有助于转录本核斑定位的RNA序列特征，强调了基因组组织、RNA顺式元件与转录本核斑富集之间的紧密相互作用，并将转录本核斑定位与剪接逻辑联系起来。最后，我们证明核斑可作为细胞应激期间调控性内含子滞留的枢纽。总体而言，我们的数据凸显了核斑在共转录和转录后剪接调控中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。