GSE245536：用DMS-MaPseq解析活人细胞中端粒酶RNA结构异质性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE245536

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

端粒酶是一种特化的逆转录酶，它利用其内在的RNA亚基作为端粒DNA合成的模板。人端粒酶的生物发生需要其RNA亚基（hTR）折叠成多结构域架构，其中包括含模板的假结（t/PK）和三向交叉（CR4/5）。这两个hTR结构域结合端粒酶逆转录酶（hTERT）蛋白，因而对端粒酶的催化活性至关重要。在此，我们采用硫酸二甲酯突变谱测序（DMS-MaPseq）及整体解卷积分析，探测了活细胞中hTR的结构。出乎意料的是，约15%的hTR稳态群体具有一种CR4/5构象，该构象缺乏hTERT结合所需的结构特征。突变分析表明，稳定这种替代性CR4/5构象不利于端粒酶的组装和活性。我们提出，细胞hTR池中这部分错误折叠的群体或被缓慢重折叠，或被降解。因此，在体外已被深入研究过的RNA折叠动力学陷阱，在体内也可能对核糖核蛋白复合物的组装构成障碍。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。