SiHa与KONAT10SiHa细胞的acRIP-seq数据

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SiHa与KONAT10SiHa细胞的acRIP-seq数据

GSE216812 是一项聚焦宫颈癌细胞的 acRIP-seq 数据集，来源于 NCBI GEO，标题为“The acRIP-seq of SiHa and KONAT10SiHa cells”。该数据集以 SiHa 细胞与 NAT10 敲除的 SiHa 细胞为研究对象，通过 acRIP-seq 技术考察两组细胞中 N4-乙酰胞苷（ac4C）修饰程度的差异，进而用于分析受该修饰调控的基因。数据集归入肿瘤／宫颈癌分类，包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE216812_series_matrix.txt.gz，作者为 Xia、Guo，发布时间为 Oct 28 202。整体上，它为研究 ac4C 修饰在宫颈癌细胞中的分布特征及 NAT10 的作用提供了原始数据基础。

【数据集背景】

N4-乙酰胞苷（ac4C）是一种 RNA 修饰，其沉积与 NAT10 等修饰酶相关。该数据集的研究出发点是比较 SiHa 细胞与 NAT10 敲除 SiHa 细胞中 ac4C 修饰程度的差异，以识别修饰水平发生变化的基因。源站描述明确指出，研究目的是“investigate genes that the different degrees of N4-acetylcytidine in the SiHa and Knockout NAT10 SiHa”，即围绕两组细胞间 ac4C 修饰差异所涉及的基因展开。数据集所属分类为肿瘤／宫颈癌，说明其应用语境是宫颈癌相关的肿瘤生物学研究。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE216812_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式。从文件命名看，其为 GEO 系列矩阵文件形式，通常用于承载样本层面的表达或修饰信号汇总信息；但源站未提供该文件的具体字段构成、样本数量、检测位点数目等细节。主题标签包括 Other、GPL24676 与 9606，其中 GPL24676 为平台编号，9606 对应人类物种编号。数据覆盖的对象为 SiHa 细胞与 NAT10 敲除 SiHa 细胞两组材料的 acRIP-seq 结果。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题为“The acRIP-seq of SiHa and KONAT10SiHa cells”。作者为 Xia、Guo，发布时间为 Oct 28 202。数据通过 acRIP-seq 技术获得，实验材料为 SiHa 细胞及 NAT10 敲除的 SiHa 细胞。除上述信息外，源站未提供样本制备、测序平台运行、读段处理等更详细的采集流程说明。

【适用场景】

该数据集适用于研究宫颈癌细胞中 ac4C 修饰的分布与差异，尤其是比较 NAT10 功能缺失前后修饰程度的变化，并据此筛选可能受 ac4C 修饰调控的基因。由于分类归入肿瘤／宫颈癌，也可用于肿瘤表观转录组学方向的探索性分析。源站未提供该数据集在其他具体研究场景中的验证性用途。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE216812_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。源站未提供配套的分析脚本、标准化流程或参数设置说明。

【质量与限制】

数据集仅含 1 个文件，源站未提供样本重复数、测序深度、数据质控指标等信息，因而无法据此评估其技术质量。主题标签中的 Other 表明其在 GEO 中的主题归类并不具体。使用时应以源站原始记录为准，源站未提供的质量评价内容不宜自行推断。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用规范与许可条款。使用时建议遵循 NCBI GEO 的通用数据使用惯例，并引用作者 Xia、Guo 的相关工作；具体引用格式与使用限制以源站记录为准。